侯凡凡通過循證醫學研究提供了壹種延緩慢性腎病發展的新策略。慢性腎臟病壹旦出現腎功能不全，必然發展為終末期腎衰竭(尿毒癥)。血管緊張素轉換酶抑制劑(ACEI)和其他腎素血管緊張素系統抑制劑(RASI)是已被證明延緩早中期慢性腎臟病發展的主要藥物。傳統上認為這些藥物不僅對晚期慢性腎臟病無效，還可能增加不良反應，所以目前80%的晚期慢性腎臟病患者沒有得到有效的治療。通過壹項為期5年的大樣本、雙盲、隨機對照臨床研究，侯凡凡領導的團隊首次證實，ACEI顯著降低了晚期慢性腎臟疾病發展為尿毒癥的風險，並將腎臟疾病發展為尿毒癥的時間延遲了1倍以上。這項由中國大陸學者(作者和單位均在中國大陸，侯凡凡為第壹通訊員)獨立完成的成果，以原創作品的形式發表在最權威的醫學期刊N Engl J Med(影響因子50.05438+07)上。鑒於這篇文章的重要價值，N Engl J Med發了壹篇社論，稱這項研究“改變了在晚期慢性腎臟病中禁用RASI的傳統觀念”，“是時候改變我們對慢性腎臟病的治療策略了”。論文自2006年發表以來，在SCI期刊上被他人引用104次。Ann Intern Med (IF 17.457)在2007年出版的《內科進展》和2008年出版的《腎臟病進展》中分別將其列為“醫師臨床實踐最重要的論文”和“腎臟疾病最重要的論文”之壹。結論收錄於內科經典教材《西醫內科學(第23版)》和腎臟病經典教材《腎臟(第8版)》。2006年被教育部評為“中國高校十大科技進步”。全國已有49家醫院應用。
侯凡凡和他的團隊通過隨機對照臨床研究進壹步證實，使用高劑量RASI減少蛋白尿比使用常規藥物更能有效地延緩慢性腎臟疾病的發展。首次使用循證醫學證據證明抗蛋白尿治療可以改善慢性腎臟病的腎臟預後。結果發表在《J Am Soc Nephrol》(影響因子7.505)，是腎臟疾病專業影響因子最高的期刊，為慢性腎臟疾病進展的臨床幹預提供了新的策略。
她還通過基礎研究發現了促進CKD進展的新致病分子。首次證實CKD中留存的氧化損傷蛋白可作為內源性毒素促進腎臟炎癥和纖維化，是促進腎臟疾病發展的新的生物致病因子。該成果發表在《J Am Soc Nephrol》(影響因子7.505)、《內分泌學》(影響因子4.945)等國外著名期刊上，為慢性腎臟疾病的防治提供了新的靶點。
上述成果不僅改善了慢性腎臟病患者的預後，降低了尿毒癥的發病率，為國家節約了大量的衛生資源，也推動了我國循證醫學研究的進步。2007年獲國家科技進步二等獎。
第二，為慢性腎臟病心血管疾病的防治提供了新的策略。
侯凡凡領導的團隊為中國慢性腎臟病患者心血管疾病的預防和治療提供了流行病學和循證醫學證據。心血管並發癥是慢性腎臟病死亡的第壹原因，防治心血管疾病是降低慢性腎臟病死亡率的主要措施。侯凡凡在中國五個省和自治區組織並完成了壹項慢性腎病患者心血管疾病流行病學調查。揭示了中國慢性腎臟病人群心血管疾病的特點和危險因素，建立了第壹個具有代表性的數據庫，為根據中國患者特點進行防治提供了依據。她還通過多中心臨床研究，為慢性腎臟病左心室肥厚等心血管疾病的防治提供了臨床證據。
她還通過臨床基礎研究，對慢性腎臟病並發心血管疾病的機制提出了新的觀點。首次提出慢性腎臟病糖基化終產物-受體軸上調和晚期氧化蛋白產物滯留促進微炎癥反應，加速動脈粥樣硬化形成。該成果發表在Arterioscler Thromb Vasc Biol(影響因子6.858)和Antioxid Redox Signal(影響因子6.19)等國外著名期刊上，為慢性腎臟病心血管疾病的防治提供了新的靶點。
第三，為預防和治療與透析相關的致命和致殘並發癥提供新的策略。
1.為預防和治療透析相關澱粉樣變提供了依據。透析相關澱粉樣變性是長期透析患者骨和關節的致殘性並發癥，其發病機制尚不清楚。侯凡凡發現，透析患者體內積累的循環β2微球蛋白(β2M)通過與組織中糖基化的I型膠原結合沈積在關節上，並局部糖基化形成壹種特殊的澱粉樣蛋白。這種糖基化的β2M與關節滑膜細胞表達的糖基化產物受體相互作用，促進關節炎癥和損傷，從而闡明了“無毒”循環β2M選擇性沈積在關節上並引起組織損傷的機制。這壹結論後來被海外大規模組織學研究證實，並被收錄在6本國外教材中。她還建立了基於國人關節套筒數據的無創超聲診斷方法，改變了該病依賴組織活檢無法早期診斷的現狀，並在全國推廣應用；她發現肼類化合物抑制了β2M的糖基化，為以後的臨床治療研究奠定了基礎。上述研究成果發表在《J Am Soc Nephrol》和《Kidney Int》等國外著名期刊上(影響因子6.418)。
2.為腹膜透析引起的腹膜硬化的防治提供了依據。發現目前臨床使用的腹膜透析液配方中高濃度的葡萄糖作為滲透活性物質，增加了腹膜間皮細胞外基質的合成，促進了腹膜纖維化，為改進腹膜透析液配方提供了依據，並在1995歐洲腎臟病透析移植大會上獲得“傑出科學報告獎”。根據這壹發現和其他學者的類似報道，其他滲透活性物質已被用來代替葡萄糖制備腹膜透析液。
3.建立了壹種預防和治療透析感染並發癥的新方法。1)建立了慢性腎臟病並發結核病的血清學診斷方法，解決了該特殊人群結核病的早期診斷問題。經過10年的臨床應用，證實該方法的陽性率明顯高於傳統方法。制定了預防和治療慢性腎病患者結核病的適應癥。通過對2382例進行4年隨訪，證實防治使活動性肺結核發病率降低了57%。2)證實了我國透析患者鼻腔金黃色葡萄球菌慢性攜帶狀態是菌血癥高發的原因。在此基礎上，對攜帶者進行預防性治療，使透析中菌血癥的發生率降低了67%。3)建立了腎移植術前肝炎病毒感染患者的肝組織學篩查標準，使術後肝功能衰竭的發生率降低了86%。上述治療方法在26個省和4個直轄市的104家醫院得到應用。獲國家科技進步二等獎。
圍繞上述工作，侯凡凡以第壹作者或通訊作者發表論文144篇，SCI收錄42篇，其中影響因子在4.2~47.05的國際期刊20篇，如N Engl J Med、J Am Soc Nephrol、Arterioscler Thromb Vasc Biol等。論文被他人引用***1513次，其中第壹作者或通訊作者的著作被他人引用8本國外教材15次，其中內科學經典教材(西氏內科學)1本，腎臟病經典教材(腎臟與腎臟病教材)2本。
編輯出版《危重腎臟病》1。2001以來，19次應邀在國際學術會議上做專題講座。論文在國際主要專業學會獲得四項大獎(“歐洲腎臟病學會傑出科學報告獎；美國腎臟病學會“藍絲帶獎”；國際腎臟病學會“最佳論文壹等獎”和“優秀論文獎”)。國際腎臟病學會曾在其器官刊物ISN NEWS上以“來自中國的壹次航行”為題對她進行了專題報道，為國家贏得了榮譽。
第壹完成人獲國家科技進步二等獎2項，部級、省級科技進步壹等獎3項，二等獎3項。獲國家發明專利2項。作為負責人主持國家自然科學基金重點項目3項，973項目子項目等國家級項目7項。
是《腎臟病》、《中華醫學雜誌英文版》、《中國科學(生命科學)C輯》等SCI期刊的主編或主編，也是香港腎臟教育研究基金會等機構和大學的客座教授。曾獲何梁何利基金“科技進步獎”和廣東省第七屆“丁穎科技獎”。榮獲解放軍總後勤部“科技金星”、廣東省“三八紅旗手”等稱號。
侯凡凡有良好的科學道德。晚期腎病防治的臨床研究存在壹定的風險。侯凡凡通過“為病人承擔風險”來鼓勵參與的醫生。臨床研究需要對大量患者進行多年隨訪。為了獲得可靠的結論，她和她的團隊抵制了當前的壹些浮躁思潮，堅持“十年磨壹劍”。為了及時獲得信息，確保患者的安全，他們向患者公布了自己的家庭電話、手機號碼和QQ號碼，以確保他們能夠24小時回應患者的問題和需求。侯凡凡有嚴格的科學風格。在發表之前，她的團隊完成的所有研究成果都要經過至少三位不同領域專家的評審，以確保研究結論的可靠性和準確性。她領導的學科被教育部評為廣東省重點學科和廣東省重點實驗室，被總後勤部授予“先進基層單位”和廣東省“優秀科研團隊”稱號。
侯凡凡也是壹名優秀的臨床醫生，具有高超的醫術和高尚的醫德。為了滿足求醫的患者，她在門診經常連續工作7個小時以上。為了搶救猝死病人，她在沒有設備的情況下，將病人口中的嘔吐物吸出，挽救了病人的生命。她連續兩年擔任中央衛生局健康咨詢專家，多次圓滿完成中央和省市組織的重要救援任務，榮立二等功1次，三等功2次。榮獲中國醫學院第二屆中國醫師獎、白雲功德公益之星等表彰優秀臨床醫生的獎項。榮獲解放軍總後勤部出品的“黨員”稱號。