佳木斯大學有基礎醫學院、口腔醫學院、藥學院、公***衛生學院、護理學院、檢驗醫學院、醫學部、材料科學與工程學院、機械工程學院、信息電子技術學院、建築工程學院等學院。
1、佳木斯大學基礎醫學院：創始於1947年建置的合江軍區衛生學校基礎醫學部，1958年開始招收臨床醫學專業本科生，2005年開始招收本科留學生，1980年開始招收碩士研究生，1986年獲碩士學位授予權。2008年起開展醫學留學生研究生學歷教育，2014年開始招收博士研究生，2019年基礎醫學獲批博士後科研流動站。
七十五年來，學科幾代人紮根邊陲、艱苦奮鬥、銳意進取，培養了壹大批綜合素質高、創新能力強的復合型醫學人才。校友們秉承“明德勵學，崇尚實踐”的校訓，在各自崗位上頑強拼搏，努力奮鬥。
2、佳木斯大學口腔醫學院：成立於1974年，是黑龍江省東北部地區建立最早、規模最大的口腔醫學院校之壹。三十多年來，經過幾代人的艱苦創業，學院得到了長足發展。現擁有口腔醫學、口腔修復工藝學兩個本科專業，醫學整形與美容、口腔修復技術兩個專科專業。
其中口腔醫學專業是我校的壹表招生專業，口腔修復工藝學專業是省內第壹個、國內僅有的幾個培養口腔修復工藝方面高級新型實用人才的專業之壹。
3、佳木斯大學藥學院：始建於1976年，是黑龍江省最早設置的高級藥學人才培養基地。經過三十多年的建設與發展，已成為中國藥物生物技術常務理事單位，中國天然藥物理事會理事單位，黑龍江省藥學會常務理事單位，是黑龍江省化學藥物的研發中心。
佳木斯大學簡介
佳木斯大學坐落於中國最早迎接太陽升起的地方、最佳生態環境魅力城市，佳木斯市。佳木斯市是黑龍江省東北部區域中心城市，於1947年解放，當時為合江省省會，是解放戰爭的大後方，被譽為“東北小延安”“華夏東極”“東方第壹城”。
城市轄區自然資源豐富，生態環境良好，擁有黑龍江、松花江、烏蘇裏江三大水系，是國家重要的商品糧生產基地，是對俄合作的橋頭堡和大通道。城市交通四通八達，航班聯結國內各主要城市，高鐵是哈佳、牡佳和佳鶴的交匯點。
學校始建於1947年7月20日，1995年經原國家教委批準，由佳木斯醫學院、佳木斯工學院、佳木斯師範專科學校和原佳木斯大學合並組成。2000年後，佳木斯市糧食職工中等專業學校、富錦師範學校、黑龍江省理工學校相繼並入。
學校占地131萬平方米，建築面積62.9萬平方米，***有四個校區。主校區南依四豐山，北擁松花江，四季分明，自然生態絕佳，獲評省級文明校園和全省首批“綠色校園”，是適合莘莘學子修身治學的現代化高等學府。
學校堅持瞄準科技前沿，立足服務行業和地方，在金屬耐磨材料及表面技術、智能農機裝備、小兒腦癱防治與康復、口腔種植關鍵技術、北藥與功能食品、腸道微生態、自主智能與信息處理等研究領域特色突出，科技創新能力不斷提升。
近五年主持國家自然科學基金、國家社會科學基金、國家藝術基金，科技部、教育部、衛健委和國家民委等國家級和省部級項目300余項，獲國家發明專利200余項。