根據上述職責，省知識產權局設5個內設機構：
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、信訪、財務、政務公開、行政事務和國有資產管理等工作；指導和監督直屬單位的財務和國有資產管理工作。
（二）政策法規處（專利執法處）
起草專利及知識產權地方性法規、規章草案；承擔國內外知識產權發展動態和全省有關知識產權方面的重大問題及相關政策的研究工作；擬訂全省專利執法規劃、工作計劃；承擔建立和組織實施知識產權執法協作機制的有關工作；處理和調解專利糾紛，查處假冒專利行為；組織建立知識產權預警和維權援助機制；承擔有關行政復議、行政應訴工作。
（三）協調管理處
承擔組織協調全省知識產權的有關工作；組織擬訂並協調實施全省知識產權發展規劃和工作計劃；承擔實施國家和省知識產權戰略綱要的有關工作；承辦全省涉外知識產權事宜的統籌協調和專利工作的對外聯絡、合作交流；承擔專利代理機構成立及律師事務所辦理專利代理業務審核相關工作；負責全省專利信息公***服務體系建設工作，推動專利信息的傳播利用；指導、監督專利中介機構的工作；組織開展知識產權統計工作；承擔省政府知識產權聯席會議辦公室的具體工作。
（四）專利管理處
擬訂全省專利發展規劃和工作計劃並組織實施；指導企事業單位專利工作；組織促進專利實施；承擔專利技術交易的規範和管理工作；承擔專利實施許可合同備案工作；承擔全省專利獎評選工作；會同有關部門指導和規範知識產權無形資產評估工作。
（五）宣傳教育處（人事處）
組織開展知識產權以及專利法律法規、政策的宣傳工作；擬訂有關知識產權的教育與培訓工作規劃並組織實施；組織知識產權有關專業技術職稱評審工作；承擔專利代理人的業務培訓、考核等工作；承擔機關和直屬單位的機構編制、幹部人事、勞動工資等工作；負責離退休幹部工作。
機關黨委 負責機關和直屬單位的黨群工作。