財政部、國家稅務總局聯合下發的《關於中國清潔發展機制基金及清潔發展機制項目實施企業有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2009]30號），首次明確了我國關於開展CDM項目的若幹所得稅優惠政策，將進壹步促進清潔發展機制市場在我國的發展。
為了從不同層面支持國內應對氣候變化事業，促進清潔發展機制項目的開發和實施，我國於2007年成立了中國清潔發展基金管理中心，專門負責基金的收取、籌集、管理和使用。關於清潔發展基金，財稅[2009]30號文件第壹條明確規定，對清潔基金取得的四類收入免征企業所得稅，即CDM項目溫室氣體減排量轉讓收入上繳國家的部分，國際金融組織贈款收入，基金資金的存款利息收入、購買國債的利息收入，國內外機構、組織和個人的捐贈收入。需要註意的是，上述四類收入並非目前我國清潔發展基金的全部來源，對清潔基金的其他來源，如基金管理中心開展基金業務取得的營運收入等，仍應按照規定繳納企業所得稅。
2.CDM項目實施企業可享受的企業所得稅優惠政策主要包括兩方面：
壹是CDM項目實施企業上繳國家收入準予在稅前全額扣除。溫室氣體減排量資源歸中國政府所有，而由具體清潔發展機制項目產生的溫室氣體減排量歸開發企業所有，因此，清潔發展機制項目因轉讓溫室氣體減排量所獲得的收益歸中國政府和實施項目的企業所有。《清潔發展機制項目運行管理辦法》（國家發改委、科技部、外交部、財政部令第37號）明確了不同的CDM項目溫室氣體減排量轉讓額在國家和實施企業間的分配比例，財稅[2009]30號文件第二條第壹款規定，CDM項目實施企業按照上述比例上繳給國家的部分，準予在計算應納稅所得額時扣除，即：
1.氫氟碳化物（HFC）和全氟碳化物（PFC）類項目，為溫室氣體減排量轉讓收入的65%；
2.氧化亞氮（N2O）類項目，為溫室氣體減排量轉讓收入的30%；
3.《清潔發展機制項目運行管理辦法》第四條規定的重點領域以及植樹造林項目等類清潔發展機制項目，為溫室氣體減排量轉讓收入的2%.
二是CDM項目實施企業有關所得可享受“三免三減半”優惠政策。對按照規定比例上繳給國家溫室氣體減排量轉讓收入的HFC、PFC和N2O等CDM項目的實施企業，財稅[2009]30號文件規定，企業實施該類CDM項目的所得，自項目取得第壹筆減排量轉讓收入所屬納稅年度起，第壹年至第三年免征企業所得稅，第四年至第六年減半征收企業所得稅。享受該優惠政策的所得，是指企業實施CDM項目取得的溫室氣體減排量轉讓收入扣除上繳國家的部分，再扣除企業實施CDM項目發生的相關成本、費用後的凈所得。
需要註意的是，企業應單獨核算其享受優惠的CDM項目的所得，並合理分攤有關期間費用，沒有單獨核算的，不得享受上述企業所得稅優惠政策。此外，我國在2005年已發生第壹筆CDM交易，目前相關協議的有效期是2008年～2012年，而財稅[2009]30號文件是從2007年1月1日起執行，因此，對清潔發展機制基金及清潔發展機制項目實施企業，應對2007年度的應納稅所得額按該文件規定進行調整。
3.CDM項目不涉及流轉稅
我國和發達國家CDM項目的合作領域涉及多種方式，如對城市生活垃圾進行衛生填埋、綜合回收利用，或大規模植樹造林、草原建設和管理，或使用水利、風能和太陽能發電等清潔能源。那麽，我國企業在CDM項目合作中向國外企業或組織收取的款項，是否需要根據雙方合作的不同項目，根據中國企業在該項目中提供勞務的形式征收流轉稅呢對此，目前尚無明確的文件規定。但在現行政策下，我國企業在實施CDM項目中向國外企業或組織收取的款項並不涉及流轉稅。
第壹，對於中國企業在CDM項目合作中向國外企業或組織收取的款項，不能按中國企業在該項目中提供勞務的形式征收流轉稅。在中外雙方合作的CDM項目中，外國企業只是對合作的項目提供資金和技術支持，其向中國企業提供資金和技術，目的只是為了獲得該項目所產生的溫室氣體減排量，而並不是為了獲得中國企業從事該項目所提供的勞務。也就是說，外國企業並不是中國企業在所合作的CDM項目中提供勞務的接受者，因而對中國企業向外國企業收取的款項不能按銷售應稅勞務征收流轉稅。那麽，是否應將外國企業或組織提供的資金作為企業提供上述勞務所收取的價外費用，並入其勞務銷售額征收流轉稅呢其實，無論是《增值稅暫行條例》還是《營業稅暫行條例》，其規定的應並入銷售額征稅的“價外費用”都是向購買者收取的，而不包括向購買者以外的單位或個人收取的款項。因此，對我國企業向外國企業或組織收取的資金，也不能作為提供流轉稅應稅勞務所收取的“價外費用”，並入銷售額征收流轉稅。
第二，對於中國企業在CDM項目中向外國企業收取的款項，也不能按“銷售溫室氣體減排量”項目征收流轉稅。盡管從法律意義上講，“溫室氣體減排量”在國際市場上已成為壹種可以交易的商品，但根據我國現行流轉稅法規，並不能將其歸為某種流轉稅的應稅資產。根據《營業稅稅目註釋》，屬於營業稅應稅項目的“轉讓無形資產”，包括轉讓土地使用權、商標權、專利權、非專利技術、著作權、商譽，“溫室氣體減排量”顯然並不屬於這裏的任何壹種“無形資產”。而增值稅中的貨物，是指“有形動產”，“溫室氣體減排量”顯然也不屬於增值稅的應稅貨物。因此，即使將中外企業CDM合作項目所產生的“溫室氣體減排量”作為壹種資產，根據現行稅法，對其征收流轉稅也是沒有依據的。