畜禽功能基因挖掘與分子育種領域。（1）確定了豬促卵泡素beta亞基基因內含子中存在著292bp、具有回紋結構和31個poly(A)逆轉座子序列。該成果是美國專利局授予的世界上3個有關動物產仔性狀基因專利之壹。研制了適於大規模基因檢測方法。其成果獲2003年國家技術發明獎二等獎（第壹完成人）。（2）與華大基因組的科學家合作，完成了“雞全基因組SNP遺傳變異圖譜”的構建，發現雞單核苷酸堿基變異位點的密度為每千個堿基5個變異位點；家雞經濟性狀與野雞存在巨大差異。該成果發表在《Nature》上（2004年12月9日）。將DNA指紋、微衛星標記等技術應用於我國動物遺傳資源多樣性評估；利用限制性內切酶片斷長度多態性技術,開發白血病抗性的DNA分子標記，研制與性連鎖快慢羽位點連鎖的DNA標記及檢測方法；闡明了雞性連鎖矮小基因的分子遺傳基礎等多項成果。
牛體細胞克隆和轉基因體細胞克隆領域。①體細胞克隆優質母牛技術。克隆囊胚成功率、母牛妊娠率、產犢率均達世界先進水平；首次以冷凍卵母細胞為核移植受體成功地生產出體細胞克隆牛；冷凍克隆胚胎移植獲得成功。②頂級荷斯坦種公牛體細胞克隆技術。獲得健康克隆個體,為保種、擴繁開創新途徑；克隆公牛囊胚發育率達48.3%、冷凍胚胎移植妊娠率33.3%、出生率20%，總體超過國際同類研究水平。部分闡明克隆牛死亡率高的分子機理,發表在《Biology of Reproduction》上。建立起較為完整、有效的轉基因體細胞克隆牛生產技術平臺，取得壹批創新性成果。利用雙標記篩選的轉基因成功率90%～100%，轉基因克隆牛妊娠率28%，成功培育出同時轉有人巖藻糖轉移酶等3種外源基因的體細胞克隆牛。現已生產出轉有人乳多種基因的轉基因體細胞克隆牛31頭，存活23頭，是國際上最大的轉基因體細胞克隆牛群體之壹。