林木種質資源的形態包括植物、幼苗、果實、谷粒、根、莖、葉、芽、花、花粉、組織、細胞、DNA、DNA片段和基因。第四條國家林業局負責全國林木種質資源的保護和管理工作，具體工作由其下屬的林木種苗管理機構負責。
省、自治區、直轄市人民政府林業主管部門負責本行政區域內的林木種質資源保護管理工作，具體工作由其所屬的林木種苗管理機構承擔。第五條國家支持林木種質資源保護。縣級以上人民政府林業主管部門應當采取有效措施，加強林木種質資源的保護和管理。第六條縣級以上人民政府林業主管部門應當積極組織林木種質資源的科學研究，培養林木種質資源專業技術人員，提高林木種質資源保護和管理水平。第七條國家林業局和省、自治區、直轄市人民政府林業主管部門應當組織開展林木種質資源普查，建立健全林木種質資源檔案。
林木種質資源普查成果等數據應當作為制定林木種質資源保護和發展規劃、制定和調整可利用林木種質資源目錄的依據。第八次全國林木種質資源普查方案由國家林業局制定；地方林木種質資源普查方案由省、自治區、直轄市人民政府林業主管部門制定。第九條縣級以上人民政府林業主管部門應當根據保護林木種質資源的需要，有計劃地組織收集林木種質資源。第十條采集林木種質資源的單位和個人應當建立原始檔案，並完整保存。原始記錄的內容和格式由國家林業局統壹規定。第十壹條因工程建設、自然災害等特殊情況，林木種質資源受到威脅時，縣級以上人民政府林業主管部門應當及時組織搶救性采集。第十二條國家林業局和省、自治區、直轄市人民政府林業主管部門應當組織有關專家對采集的林木種質資源進行鑒定。林木種質資源鑒定應嚴格執行國家標準和行業標準。第十三條國家林業局和省、自治區、直轄市人民政府林業主管部門對認定的林木種質資源或者經批準從境外引進的林木種質資源進行登記。林木種質資源登記實行全國統壹編號，編號方法由國家林業局規定。任何單位和個人不得更改或單獨編號。第十四條國家林業局根據需要建立國家林木種質資源庫，保存具有重要價值或者珍貴的林木種質資源。省、自治區、直轄市人民政府林業主管部門可以根據需要，建立林木種質資源庫、林木種質保存區或者林木種質資源保護地，保存鄉土樹種和當地主要造林樹種等林木種質資源。第十五條縣級以上人民政府應當根據情況，采取就地保存或者建立異地保存庫、設施保存庫等方式保存林木種質資源，保障國家和地方林木種質資源庫、保護區、保護地的正常運行和種質資源的安全。對異地保存庫和設施保存庫的林木種質資源，應當按照有關規定定期檢查和檢驗，並及時更新和補充。第十六條國家林業局和省、自治區、直轄市人民政府林業主管部門應當根據普查、鑒定和保存的結果，公布可供利用的林木種質資源目錄。第十七條利用從林木種質資源庫取得的林木種質資源申請植物新品種權或者其他專利權的，應當事先與林木種質資源經營單位簽訂協議，並報省、自治區、直轄市人民政府林業主管部門或者國家林業局備案。第十八條使用林木種質資源庫林木種質資源的單位和個人，應當與林木種質資源庫管理單位簽訂協議，並按照協議要求承擔信息反饋和利用義務。第十九條禁止采集或者采伐國家重點保護的天然林種質資源。因科學研究、良種選育、文化交流、種質資源更新等特殊情況需要采集或者采伐的，除依照有關法律法規的規定提交采集或者采伐的批準文件外，還應當依照本條第二款、第三款的規定辦理審批手續。
在國家林木種質資源數據庫中采集或者采伐的，申請人應當向國家林業局提交林木種質資源采集或者采伐申請表和申請說明，說明應當包括采集或者采伐的原因、用途和方案；國家林業局應當自受理之日起20個工作日內作出審批決定，並發放林木種質資源采集或者采伐許可證；不予批準的，應當書面告知申請人並說明理由。
在國家林木種質資源庫以外采集或者采伐的，應當經省、自治區、直轄市人民政府林業主管部門批準，並將批準結果報國家林業局備查。