1927年春節，劉湘設宴犒勞21軍軍政研究所所有部屬，該所為劉湘模仿黃埔軍校而開辦的壹所軍事政治學校，教材也以黃埔課本為藍本。蒙王陵基推薦，劉航琛在該所擔任政治歷史教官。身穿長衫的劉航琛是席上惟壹未著軍服者，可能是這個原因，劉湘坐到他的旁邊，當劉湘得知劉航琛為北大經濟系畢業生時，眼睛壹亮，熱情地稱之為“航琛兄”，並“禮賢下士”地邀請他參加四川督辦公署的經濟會議。從此二劉結識，兩年後劉航琛正式成為劉湘的重要幕僚，在劉湘統壹四川的壹系列軍事行動中，起到了關鍵性作用，可謂劉湘之“蕭何”。 1927年，劉湘的財政負債已高達八九百萬元，1928年，劉湘與楊森交戰獲勝，地盤擴大到二十八縣，軍隊增至七萬多人，但仍嚴重入不敷出。為此，於1929年劉湘起用劉航琛主管財政。劉航琛主動與劉湘約法三章：如果劉航琛營私舞弊，劉湘對他有槍斃權；如劉航琛與劉湘有重大意見分歧，劉湘對他有罷免權；除此之外，財政由劉航琛全權負責，劉湘不得下手令提款，也不得幹預他執行預算。當時劉湘的部下動輒持劉湘手令到財務處支款，而劉湘為了籠絡部屬，往往聽之任之，使財政虧空雪上加霜。劉航琛想把規矩立在前頭，以防後患。
劉航琛就任財長處長後，開始實施他向劉湘提出的聚斂之策—“如仍照從前辦法，僅賴征收地賦，強派捐稅，決不可能籌到巨款來擴充軍隊。根本之計，在於加重稅捐，爭取鹽稅，整頓特稅。但仍有緩不濟急之時，必須仿照南京政府發行公債，化遠期款為現款，以應急需。同時利用金融界和商幫的實力，作為緩急相通，不必將他們當做強派硬索的對象”。劉航琛壹上任就精簡機構、合並稅局，這些稅局往往為劉湘親信部屬及其親朋所把持，貪汙中飽，如雁過拔毛，稅款到達督辦公署時，已剩六成。為減少阻力，劉航琛說服劉湘兼任捐稅總局總辦，但捐稅總局又歸劉航琛的財務處管理。在劉航琛的建議下，劉湘將所有的三十多個捐稅局全部裁撤，合並為捐稅總局。本來打算在總局成立典禮上搗亂的師長、旅長們，見劉湘是總局總辦，便都打不起精神來。合並稅局後的第壹個月，21軍的財政赤字便告消滅，還盈余壹百四十多萬元，第二月結余二百七十多萬元，劉航琛如數上報於劉湘，並保證，今後每月上繳金額不少於此數。劉湘驚喜之余，用這筆錢在重慶建立了壹所擁有最新設備的兵工廠，此廠在劉湘、劉文輝為爭奪四川主導權的“二劉之戰”中，發揮了決定性作用。
其後，劉航琛便把眼光放在了鹽稅上，鹽稅作為國稅，本應上繳國庫，但在軍閥混戰時代，鹽稅則是軍閥們穩定、可觀的壹筆軍費。在四川，自貢等產鹽區為劉文輝控制，而川鹽運銷的重要碼頭重慶則在劉湘手上。劉航琛以21軍代表身份與劉文輝24軍代表張富安、寧芷村談判，經過討價還價，兩軍在重慶設立財務統籌處，張富安任處長，劉航琛任副處長，寧芷村任科長，平均瓜分鹽稅，雙方各得二十萬元。
劉航琛還在特稅（鴉片稅）上下足了功夫，劉湘政府以征收重稅便可壓制鴉片市場活力為由，公開征收特稅。而劉航琛則發明了壹條新規定：對原來不產煙土或少產煙土的地區，不論是否種煙，壹律征收“畝捐”，金額相當於各縣壹兩年的糧稅；另外，還加收煙土運銷稅，凡上過稅的煙土可以在本省銷售，還可運銷省外。劉航琛甚至還針對煙土銷售終端設立了“紅燈捐”和“癮民捐”，凡是繳納“紅燈捐”者才有資格開設煙館，凡是按月繳納“癮民捐”者才能公開吸煙，否則將受到罰款。
對於劉湘部下，劉航琛也板起面孔，對於支款要求，壹概不理，甚至撕毀過劉湘的手令。此後，劉湘再未為部下下過支款的手令，直至去世。為了應付劉湘越來越龐大的軍費開支，劉航琛開始向工商、金融業大肆舉債。由於此前軍閥“借款”，從無償還之時，商人對軍閥的信用懷有戒心，劉航琛召集銀行、錢莊、鹽幫頭面人物開會，向他們借款，他們雖不願借予，但迫於壓力，不得不借出壹些，權當被勒索了。但借據到期，有幾人抱著試試的態度拿借條去財務處兌現，結果不但順利收回借款，還得到了劉航琛的盛情款待。鹽幫是四川首富，因怕得罪劉湘，不敢去兌現，劉航琛派人去請，親自將銀子交還。劉航琛追著還錢的新聞很快傳開，從此打開了向工商界大肆借錢的通道。
他先是以債養債，到處挪賬以應付日益龐大的軍費開支。到1931年，四川已成為兩大軍閥的競技場，壹方是劉湘，另壹方是劉文輝。劉湘擁兵十多萬，裝備有軍艦、飛機、大炮、重機槍等現代武器，並控制川東幾十縣，扼守著長江上遊咽喉。劉文輝的防區也已發展到包括西康在內的七十余縣，兵力亦有十多萬。二人都想先統壹四川，再稱雄西南，甚至問鼎中原。此時，劉航琛通過稅收、舉債已不能應付軍費開支，便準備化遠期款為現款。劉航琛聯合聚興誠銀行董事長楊粲三、美豐銀行總經理康寶恕、川鹽銀行董事長吳受彤大量發行公債、庫券，並仿照上海，在重慶設立證券交易所，並兼營申匯。這些舉措，使劉湘在軍事實力上明顯優於劉文輝，成為在“二劉之戰”中，劉湘最終獲勝的主要原因。從1932年到1933年十月戰爭結束、劉文輝退守西康為止，21軍***發行各種庫券公債計有十項，總金額高達四千壹百三十萬元。“二劉之戰”是四川二十多年軍閥混戰中，規模最大也是最後的壹次大戰，壹方面，四川的統壹使政治趨向正軌，人民得以休息，為後來的全面抗戰構築了壹個穩固的後方；另壹方面，戰爭也使川民飽受苦難。
在“二劉之戰”前，劉航琛還作為劉湘特使，往返南京與重慶之間，向蔣介石示好，爭取中央政府的支持。此間，劉航琛得以結識宋子文、蔣介石，劉航琛整頓四川財政的方案也深為他們所賞識。由於劉航琛得罪了劉湘的軍師—神漢劉從雲，又與王陵基往來密切，王後來駐防萬縣，扼守水路交通要道，劉湘深恐王、劉勾結，發生異端；受到劉湘猜忌，劉湘覺得劉航琛言大而誇，居心叵測，不易駕馭：所以劉湘上報中央請求批準的四川省財政廳長的人選並不是劉航琛，而是劉湘的親信唐棣之。在宋子文的幹預下，劉航琛擠掉唐棣之，成為首任四川省財政廳長。1935年2月，國民黨統治下的四川省政府在重慶成立，劉湘出任主席，劉航琛也同時出掌財政廳。 劉航琛當上財政廳長之前，就搞了壹個《整理四川財政方案》。他受任財政廳長尚未回川就職，便把“方案”抄寄給上海《申報》，以“新任四川財政廳長劉航琛談整理四川財政方案”的標題刊登出來。
四出省政府新成立時，財政上要急於解決的問題是編制1935年7月到1936年6月的年度預算，這個預算，根據全省各項開支需要將近7000多萬元，還要加上省政府成立後，從2月到5月有支無收的幾個月的貸款逐步籌還的數字。到1936年上半年編制7月至1937年6月的年度預算，支出約需8000多萬元。在劉航琛任職期間，要解決財政上這樣龐大開支，絕非易事。他重操故伎，采取整頓稅收，開辦新稅。擴大信用，套取資金等辦法，大量增加人民負擔。
（壹）極力整頓田賦收入。劉航琛為了加重田賦收入，過去曾制定田賦整頓方案，重新清理田地面積，使各縣田畝，普遍增加。全川各縣條糧，***計60多萬兩，辛亥革命後，折征銀元，約每糧壹兩，折征為銀元十幾元，總***年可收入700多萬元。本為壹年壹征，劉航琛附加3倍的所謂臨時“剿赤”經費，這樣實際成了壹年四征，更加重了對農民的剝削。
（二）整理田地買賣和典當的稅收。過去田地的買賣和典當都要課稅，各縣征收單位不壹致，為了劃壹稅率，把買契稅改為照契價每百元收百分之十幾，典契稅照契價每百元收百分之幾。這樣壹改。兩種契稅，壹年可收1000萬元以上。
（三）全川驗換契紙。劉在主持二十壹軍財政時，曾在防區各縣辦理過查驗契紙，大契每張收1元，小契5角，白契補稅，過期不驗收罰金，每契還要另貼印花，搜刮民脂不少。他現在花樣翻新，稅金加重，把過去各防區印稅的契紙，宣布完全無效，壹律換成經國民黨四川省政府蓋印的契紙，才算合法有效。於1936年下半年開始實施。每張契紙驗換時，100元以上的大契收費3元，100元以下的小契收費1元5角，典當契照減半收費。在壹定期限內拿到征收機關驗換的，不管紅契或白契，均壹律驗換，白契不罰。這辦法收到實效，特別是把陳年的白契都騙出來只補稅不罰就驗換了。驗契每張收入雖微，但集腋成裘，超過預算兩倍以上，達1500萬元之多。
（四）加重屠宰稅附加。全川各縣市的屠宰稅，原來系教育專款。劉航琛在正稅之外，每頭豬附加稅收2元，以每年殺豬約四五百萬頭計，約可收稅1000萬元。
（五）實行貨物壹稅制。他在廢除苛捐雜稅、關卡厘金的幌子下，實行在四川境內對進；出口貨物只征稅壹次。憑票通行，不再征稅。壹稅制在手續上簡化了，也可避免壹些收稅人員的勒索，但在人民負擔上並未減輕。稅率是值百抽五，約計全年可收入800萬元。
（六）繼續征收禁煙稅。這項稅大體上分為兩種區域征收：壹是種煙區，壹是非種煙區。對兩種區域吃煙的人都要抽收紅燈捐，種煙區要加抽煙窩捐。對於進出口的煙土抽過道捐，如雲貴煙土運銷四川，或由四川運銷他省都要上稅。四川省設有“禁煙總局”，各縣設有“禁煙督查處”等機構，就是專管煙土種、運、售、吸等事宜，重慶壹段時間還曾實行過煙土“統收統銷”。劉在預算上的禁煙稅收入，只列了幾百萬元，實際上要多好幾倍。
（七）開辦營業稅。這項營業稅於1936年度開辦。在城市集鎮各類商店就它的營業額按稅率3%征收。經國民政府指撥為省地方收入。省政府還制定了營業稅征收條例和施行細則，發給各縣執行。開辦初期，雖發生很大困難，有的縣份還引起商人罷市的風潮。省政府以這項稅收數字大，稅源正常，責成各縣縣長負責貫徹實施，如果行不通，就唯該縣長是問，用行政壓力推行。
（八）改組成立省行、收回地鈔、發行輔幣。省政府成立後，劉航琛即改組四川地方銀行為四川省銀行，加撥資本80萬，湊足資本200萬元，並兼任總經理。當時四川財政困難，無款增資，劉便耍了壹套“空中懸傘”的把戲。他以財政廳長名義飭令省行立出壹個月期的本票2張，金額各40萬元，交由財政廳轉向重慶美豐、川康兩銀行各抵借40萬元，此項借款即作為省政府撥給省行的增資款。時間不到壹月，財政廳用面額140萬元的四川省庫券向省行抵押借款80萬元，省行付給即期本票80萬，財政廳即用以分別償還美豐、川康兩行借款，抽出原由省行立出壹月期的本票退還省行。與此同時，財政廳又以95萬元的四川建設公債向省行抵借58萬元。這樣，財政廳在四川地方銀行改組為四川省銀行的時侯，名曰增資80萬，實際財政廳倒套借了58萬元。這是劉航琛擴大信用，套取資金，慣用的手法之壹。
劉航琛任省行總經理後，首先面臨收回地鈔問題。四川省地方銀行於1934年成立，為解決劉湘軍費開支的需要，壹開始就發行“四川地方銀行兌換券”（簡稱地鈔）。票面分1元、5元、10元3種。截至1935年4月9日止，地鈔發行額達3300余萬元，而現金準備只有300余萬元，不及1/10。遂致現金日貴，地鈔日賤，每千元地鈔掉換現金，需補水達六七十元至壹百七八十元。釀成重慶、成都發生嚴重的擠兌現象，甚至發生擠傷人和踩死人的事故多起。人心浮動，難以平息。劉航琛以財政廳長身份，壹面邀集重慶金融界商議，決定將各行莊所有地鈔，盡量交由“四川地方銀行兌換券準備庫”封存，組織“抵解委員會”，發行壹種“抵解證”。此證可在市面流通使用，每月半、月底掉換壹次，每半個月應得子金即附帶註明於證內。子金由財政廳負擔，歸執證人所有。利率若幹，則於月半、月底之前壹日，由“抵解委員會”召集各行莊議定之。此法實行後，重慶各行莊***封存地鈔700萬元。地鈔發行額雖有 3000余萬之巨，但以川省幅員遼闊，外縣流通者占多半。重慶壹地封存700余萬元不用，市面籌碼頓形減少，擠兌之風因此和緩。同時派專車運現接濟成都，風潮始暫平息下來。另壹面又求助於蔣介石。蔣的中央統治勢力伸進四川，在成都設立“委員長行營”，推行其法幣政策，把發鈔權收歸中央。幾經策劃，由“行營”於1935年9月15日明令公布地鈔按八折以“中央本鈔”收銷，使四川人民蒙受重大損失。
但在地鈔於1936年11月20日全部以八折掉換中央本鈔之前，劉航琛就向財政部請示由四川省銀行發行5角輔幣。四川省銀行同各地銀行、錢莊以簽訂合同方式領用輔幣，以擴大發行。據1937年10月四川省銀行帳面記載，實際發行額為998．3萬元，已達到飽和點，以後奉令停止發行。輔幣券紙質低劣，極易損壞，在流通過程中，散失很多，有相當壹部分未能收回，使人民又遭受壹次禍殃。
劉航琛發行紙幣的野心，並不止此，也不因為發行條例的限制而把他束縛在只發行輔幣的範圍之內。相反，除了大量印刷5角的輔幣外，還大量地印刷了5元、10元壹張的大額鈔票達壹億幾千萬元，不過這種大鈔，礙於國民政府金融法令，沒有發行出來。接著抗戰爆發，劉湘死在漢口，劉航琛的財政廳長也隨之垮臺，他即把印制的大鈔作為禮品送給宋子文，以獻媚討好的口氣說：抗戰發生，需要大批軍費，增發鈔票，勢在必行。用省行名義印的鈔票，只要塗去四川省銀行字樣，加蓋財政部或中央銀行圖章就可發行。宋欣然接受、實行，這就增添了紙幣泛濫、貶值的壹部分籌碼。
（九）發行公債。在劉航琛擔任財政廳長期間，還先後發行了“二十四年四川善後公債”、“二十五年整理四川金融庫券”、“二十五年四川善後公債”、“二十五年四川建設及換償公債”，金額***達1．45億元。在發行這樣大量的債券中，劉航琛仍采取過去辦法，以各家銀行錢莊作為推銷債券主要對象，分別給以不同利息和按票面額六折或七折推銷。
（十）收兌利濟期票。劉航琛任財政廳長後，重慶禁煙總局局長由唐華接任。對煙土實行“統收統銷”，以便官方壟斷專利。當時，重慶統收處官商合組“利濟財團”（以川鹽銀行和美豐銀行股本最多，遂由川鹽董事長吳受彤、美豐總經理康心如分任財團總經理、協理），集資 500萬元，作為收購基金，收購現金不足時，就開出期票收購煙商存貨，再將收購煙土分發所屬各縣的禁煙分處銷售。統收票由於存貨積壓，無法脫手，而煙商手上捏有不少煙土紛請收購，亦不能解決，加以派給各縣禁煙分處的煙款收不回來，影響“利濟”期票到期不能兌現。而“利濟”期票，多數由鹽商持向重慶金融界貼現，如期不能兌現，單是各銀行頭寸就積壓 2000多萬元，造成市面銀根特緊。當時吳受彤和康心如為此事同唐華鬧翻了，互相埋怨，大吵大罵。劉航琛在場，他當即裝出竭力解決此事的關心態度說：把未兌現的“利濟”期票，壹齊收來拿給我，換給財政廳的期票，認二分利，統收處的存貨歸我出賣了來償還。他這樣作，表面上是把“包袱”轉給財政廳，使市面銀根活躍起來，而實際上他借機抓住這筆錢解救當時四川財政上的困難。
此外，劉航琛為了培植壹批親信，發展基層勢力，在1935年上半年，開辦“財訓班”，以劉湘為班主任，自任副主任。壹***辦了3期，每期3至5月不等。結業後將這批人員調往省內各地征收機關，有的充任征收局長，控制了各地的財政收入。
總的，由於四川軍閥防區制的打破，軍事、政治、財政基本上趨於統壹，在劉航琛擔任財政廳長期間，由於他多方搜括民財，扭轉了四川的財政困難局面，確已做到收支平衡，還有結余。 蔣介石派參謀團入川的首要任務，在於統壹改編四川的軍隊。據說當時全川各軍核實編完過後，尚有二百七八十個團之多。改編以後，仍由各軍軍長統率，按名發餉，任何部隊均不得再有增加，堵塞了各軍任意擴充部隊的門路。劉湘部隊實力雖遠超其他各軍之上。但其野心不死，還要利用軍、政、財大權在握，暗中發展部隊，不斷擴充自己的力量。劉湘將在原有部隊之外，增加若幹團的意圖，同劉航琛商量，要他在財政上想辦法，並提出購買武器需要2000萬元左右。劉航琛極力表示願意效忠，還拍著胸膛說：“甫公 （即劉湘）盡管去辦好了，財務完全由我負責。”
在1937年抗日戰爭發生之前，劉湘就加強和擴大兩個師。壹個師的師長是劉樹成，另壹個師的師長是劉湘的舅子周曉嵐。劉湘把這兩個師視為對他最能效忠的部隊。劉樹成師駐防邛崍、大邑等縣，即劉湘的故鄉。周曉嵐師駐防瀘縣、宜賓壹帶，即劉航琛的故鄉。從駐防安排上是有其深刻用意的。這兩個師擴大後的精良裝備和軍餉都是由省財政廳撥付。1938年 1月，劉湘死後，劉航琛仍應其遺孀劉周書的要求，按月匯給兩師各1萬至3萬元，作為活動費用。此項匯款，由劉寫立墨條交川康或川鹽匯出，不久，王纘緒代理四川省政府主席，王和劉航琛間有矛盾，借口徹查財政廳帳目，下令逮捕劉航琛，劉航琛於是年5月出走香港，始停匯。