1、概念不同
商業秘密，是指不為公眾所知悉，能為權利人帶來經濟利益，具有實用性並經權利人采取保密措施的技術信息和經營信息。商業秘密的＂不為公眾所知悉＂即只要不是在本行業內眾所周知的普通信息，能夠與普通信息保持最低的秘密或新穎限度的差異的信息，都構成商業秘密。
專利是壹項發明創造，即發明、實用新型或外觀設計向國家專利局提出專利申請，經依法審查合格後，向專利申請人授予的在規定的時間內對該項發明創造享有的專有權。
2、構成要件不同
商業秘密得滿足構成要件才行，非公知性，實用性，價值性，采取了保密措施，這些要件缺壹不可。是有可能成為商業秘密的，就看是否滿足上述四個要件。
而專利則是根據申請人的申請來確定，授予專利權的發明和實用新型，應當具備新穎性、創造性和實用性。
3、實施的困難程度不同
商業秘密的實施難度要大於專利。
擴展資料：
不授予專利權的情形
1.按《中華人民***和國專利法》第5條的規定，對違反法律、社會公德或者妨害公***利益的發明創造，不授予專利權；對違反法律、行政法規的規定獲取或者利用遺傳資源，並依賴該遺傳資源完成的發明創造，不授予專利權；
2.按《中華人民***和國專利法》第25條的規定，不授予專利權的情形包括：
a. 科學發現；
b. 智力活動的規則和方法；
c. 疾病的診斷和治療方法；
d. 動物和植物品種；
e. 用原子核變換方法獲得的物質；
f. 對平面印刷品的圖案、色彩或者二者的結合作出的主要起標識作用的設計。
參考資料：
百度百科-專利參考資料：
百度百科-商業秘密