血源管理科
血源管理科成立於1980年，是血液中心成立最早的科室之壹。科室下設的職能部門有宣傳組和獻血服務組。
宣傳組主要承擔著全市的單位團體獻血組織招募工作；無償獻血宣傳、相關的新聞報道和市獻血辦公室的日常管理工作及采供血應急預案的組織和實施；宣傳組還兼管全中心的健康教育工作。
獻血服務組主要負責各審批點的日常管理；對用血者的審批、獻血者及親屬用血後的償還服務；獻血者信息更改、補發《無償獻血證》的接待和辦理工作；負責Rh（D）陰性獻血者的隊伍的管理；協助南京市紅十字會無償獻血誌願工作者服務隊的招募工作；負責進行定時、定點、定量的市區內各采血點無償獻血後的電話回訪；負責團體無償獻血時的引導和巡視工作。
血源管理科工作時間是：每周壹～周五8：30～16：30
體檢采血科
南京紅十字血液中心體檢采血科的工作任務是負責獻血者全血采集的工作，包括獻血者的咨詢、篩選、信息錄入、血液及血液標本的采集等。負責此項工作的均是有正規資質的衛生技術人員。
機采科
南京紅十字血液中心機采科是血液中心的重要業務科室。科室主要負責無償成分血小板的采集，年采集量達到9000多個治療量，有效地保障了南京市屬醫療單位臨床病人充足、安全、及時的新鮮血小板供應。另外科室還結合臨床科研，開展采集、凍存幹細胞，特種血液成分采集、治療性單采等業務。成為壹個集采供血、科研、教學於壹體的全省乃至全國壹流科室。
機采科人員配備完善，並擁有多臺世界壹流先進設備：具有高級職稱壹名，碩士研究生二名。科室工作人員曾先後多次在省市及單位技術比武中獲獎。使用單采機包括有汾沃公司Amicus 9臺，Trima 2臺，MCS+1臺，日采集血小板可達八十至九十個治療量。科室具有三項國家發明專利，在國內著名期刊發表論文四十多篇，承擔並完成三項南京市科技發展基金項目。
機采科科室設置在血液中心二樓，工作間布置整潔規範、寬敞明亮、室內空氣流通、窗外視野開闊，休息間內獻血者及陪同人員還可享用豐富多樣的食品和飲料。
成分科
南京紅十字血液中心成份輸血科1990年成立，由當初分離單壹血漿為主發展到如今能向臨床供應十多個血液成份制品。制備的品種和數量逐年增加，臨床血液成分的應用超過99%，進入全國輸血先進行例。同時成分科還發揮自身優勢配合南京各級醫院開展成分輸血的臨床應用，治療各種血液病和自身免疫疾病。成份科在抓產品質量和數量的同時，十分關科研發展，建科以來有3個科研項目獲得全國第壹。（1）第壹個在國內開展用新技術制備濃縮血小板，使血小板回收率平均增加15%，血小板產品純度高，輸用前不需要交叉配血，省去了臨用血小板前許多復雜實驗。該項新技術受到中科院院士阮長耿推薦，獲得江蘇省科技進步四等獎、南京市抖科技進步三等獎，全國有十幾個血站派員來進修交流；（2）在國內首先引進新壹代紅細胞保存液，使紅細胞的保存期從21天延長到35天，節約了寶貴的血液資源。該保存液研制者鄒元國榮獲1993年度南京市有突出貢'獻的科技功臣，市政府獎勵十萬元；（3）在全國第壹個研制出白細胞過濾器，並成功的把該項技術作為商品轉讓給生產企業。該項技術已經被南京市政府確定為高新技術成功轉化成產業，技術發明人鄒元國獲得全國五壹勞動獎章，獲得全國勞動模範。現階段供應的血液制品有：1紅細胞懸液；2新鮮冰凍血漿；3病毒滅活血漿；4冷沈澱物；5洗滌紅細胞；6洗滌解凍長期保存的稀有紅細胞所謂熊貓血等。
計劃供血科
該科室全年執行24小時工作制。具體負責：制定血液需求計劃；采供血應急方案的啟動；對血液質量投訴和輸血不良反應的投訴和受理反饋；與臨床用血醫院的業務溝通。
檢驗科
南京紅十字血液中心實驗室始建於1968年，受南京紅十字血液中心法人授權並從事臨床醫療采供血的血液檢測業務工作，是具有公正地位、法定的血液檢測機構。實驗室現有在職人員14名，其中有13名畢業於醫學檢驗專業，14人中包括：研究生3名、本科學歷3名、大專學歷3名、中專學歷4名、醫療技術工人1名（負責獻血員資料裝訂），完全有能力勝任實驗室血液檢測的各項工作。實驗室現有房屋實使用面積680平方米，擁有世界先進水平的樣品處理機3臺、大型全自動酶免系統2套、酶標儀2臺、洗板機4臺，全自動生化分析儀2臺、全自動核酸檢測儀2臺，全自動血型檢測儀2臺，試劑貯藏冰箱7臺、超低溫冰箱2臺、普通離心機4臺、溫控高速離心機1臺、雙回路高壓配電、UPS 2臺及標準PCR實驗室等設施。實驗室全部業務工作實行計算機網絡化管理，確保了檢測的高效準確進行以及檢測原始數據的安全和可追溯性。
本科室主要負責血液標本的檢測工作。根據國家有關規定對所有血液和血液制品用酶聯免疫的方法進行兩次篩查。篩查項目包括：乙肝表面抗原（HBsAg）、人類免疫缺陷病毒抗體（Anti-HIV）、丙型肝炎病毒抗體（Anti-HCV）、梅毒螺旋體抗體(Anti-TP)、谷丙轉氨酶（ALT）、ABO和RH D血型，同時對部分樣本進行HBV，HCV，HIV病毒檢測。
本實驗室自從1997年至今每年參加衛生部室間質量管理評價的結果都為優秀，經國家衛生部和省五周期檢測結果均取得良好成績，受到同行業專家的好評。2010年7月，本實驗室順利通過了中國合格評定國家認可委員會（CNAS）的認可。
研究室
研究室主要開展血液免疫學和免疫遺傳學（親子鑒定）兩個方面的相關研究。在血液免疫學方向上常規開展的工作主要有：紅細胞疑難血型鑒定、紅細胞疑難配血、血小板抗體篩查與鑒定、血小板交叉配血、新生兒溶血病預診與實驗診斷、個體化輸血方案設計和臨床輸血指導工作等；在免疫遺傳方向上常規開展司法親子鑒定、人類白細胞抗原分型、組織與器官配型、免疫相關基因與疾病易感性等工作。
財務科
財務科的主要工作：參與中心發展、規劃、投資和經營決策；負責中心年度財務預算相關工作，監督預算執行和完成情況；負責中心財務核算相關工作，準確報送各類報表，做好財務決算和財務分析；負責中心物價、收費管理工作；負責中心固定資產、材料物資以及資金等國家財產的安全，定期進行監督和檢查。
辦公室
1、代表領導處理全局性的問題，是指揮、控制整個單位工作的中心部門，確保中心各項工作有序開展；
2、黨務工作，中心無償獻血宣傳工作；
3、制訂中心發展規劃，負責血站文件、工作計劃、年度總結、年鑒、站誌等材料的撰寫，血站發文的核稿工作，保證公文處理規範化，中心對外新聞發布、新聞稿件的擬寫；
4、負責中心的會務組織安排、接待工作，並做好會議記錄、紀要。對於會議做出的決定,負責督辦；
5、中心網站的信息發布、內容更新、後臺維護等；為中心采供血信息系統、計算機網絡的正常運轉提供技術支持服務；
6、中心的印章、文印、保密、議案、提案、綜合信息、接待、協調、值班安排工作；
7、中心綜合檔案室的管理工作，按期收集、整理、立卷、歸檔工作，保證中心檔案的完整性和利用率；
8、負責中心的社會治安綜合治理、平安創建、消防安全等工作；
9、負責中心基本建設的考察、立項等具體工作。
質量管理科
質量管理科是血液中心重要的質量監管和血液安全研究科室。科室職能包括質量控制與質量管理，承擔著血液中心采供血過程的監督、考評以及原輔材料、設備設施、血液產品的質量抽檢、監測工作。同時還負責血染安全、經血感染性病毒的研究工作。科室質量管理人員4名，其中副高級以上職稱人員1名，博士研究生1名，碩士研究生1名；分設酶免、理化和細菌實驗室；配備全自動生化儀1臺、五分類血球計數儀1臺，各種檢測設備數十臺套。血液安全研究現有工作人員3名，配置細胞培養間壹套，生物安全櫃2臺，高速離心機器2臺，梯度PCR儀式2臺，實時熒光定量PCR儀1臺，小型移液工作站1臺，多功能酶標儀1臺，細胞培養箱2臺。
為了加強采供血機構科學化、規範化管理，2007年血液中心依據“壹法兩規”，建立了中心的質量體系，體系文體已升級為2009/2版，作為血液中心的質量管理核心科室，工作中堅持定期深入壹線，及時發現和解決質量問題，提出持續改進意見。
自身建設方面，質管科嚴格按照國家相關規定，建立了質控實驗室的各項檢測操作規程。全部檢測過程遵循《全血成分血質量要求》、《中國輸血技術規程》相關指標和規程，對中心所有的關鍵性設備，業務場所環境進行有效的監控，對血液中心采供血業務涉及的所有壹次性采血袋、檢測試劑等耗材樣本進行進貨檢測，確保所有耗材試劑符合國家要求，為保證血液質量把好第壹關，按國家規定對血液成品等進行抽檢，確保血液產品的質量，定期對血液產品進行分階段檢測，過程中嚴格技術要求，確保各類血液組分的生理特性、標識容量、生化指數、無菌指標等均符合《全血成分血質量要求》要求。
2009年為適應新的發展需求，中心以質管科為依托展開了血液安全為主的研究工作，主要包括：乙型肝炎病毒流行病學研究、獻血HCV感染的免疫應答及基因序列多樣性研究、單克隆抗體的研究平臺的建設等工作。先後承擔相關研究課題2項，重大研究項目壹項。
總務科
中心總務科現有職工17人，是中心後勤保障科室，分為庫房，設備維護，消毒供應，廢棄物處理，駕駛班五個部門。主要承擔中心采供血工作所需儀器設備、耗材、試劑及輔助材料的采購、保管、發放等管理工作；負責組織評價合格供應商，建立合格供應商名單並對其實施動態管理；承擔中心固定資產、基礎設施、監控和測量儀器設備裝置的維保等管理工作；承擔中心所有采供血工作所需器械、輔料的消毒和供應工作；負責中心醫療廢物的收集與處理；承擔中心無償獻血車、送血車、公務車等的車輛保障工作。負責各個采血點和采血屋的物資配送、血液的往返安全運輸。