中國科學院南京土壤研究所（簡稱南京土壤研究所）成立於1953年，其前身為1930年創立的中央地質調查所土壤研究室。自成立以來，南京土壤研究所壹直肩負著為中國農業發展和生態環境建設服務的重任，凝聚和培養了壹大批優秀人才，開展了壹系列卓有成效的研究工作，逐步發展成為在土壤科學領域研究實力雄厚、分支學科齊全並在國際上享有較高聲譽的國家級研究中心和高級人才培養基地，為我國乃至世界土壤科學的發展做出了重要貢獻。
近年來，南京土壤研究所緊密圍繞中國科學院“三個面向”“四個率先”新時期辦院方針，聚焦實施鄉村振興和建設美麗中國等重大戰略部署，以土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環境與修復、植物營養與肥料、土壤生物與生態等為核心研究領域，全面實施“壹三五”規劃，促進產出重大原創成果，率先開展“四類機構”改革，以優秀的成績圓滿完成了特色所試點建設的總體目標，為實現創新跨越發展、建設國際化壹流科研機構奠定了堅實基礎。
南京土壤研究所現有土壤與農業可持續發展國家重點實驗室、土壤養分管理國家工程實驗室、農田土壤汙染防控與修復技術國家工程實驗室、中科院土壤環境與汙染修復重點實驗室、農業部耕地保育綜合性重點實驗室等重要研究平臺；設有土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環境與修復、植物營養與肥料、土壤生物與生態等5個研究部以及土壤資源與遙感應用、土壤－植物營養與肥料、土壤化學與環境保護、土壤物理與鹽漬土、土壤生物與生化、土壤與環境生物修復、土壤利用與環境變化等研究單元；還擁有土壤科學數據中心（中國生態系統研究網絡土壤分中心）、河南封丘農田生態系統國家野外科學觀測研究站、江西鷹潭農田生態系統國家野外科學觀測研究站、江蘇常熟農田生態系統國家野外科學觀測研究站、中國科學院三峽工程生態環境湖北秭歸實驗站。此外，擁有聯合國糧農組織的特約圖書館和亞洲最大的土壤標本館；土壤與環境分析測試中心是國家質量技術監督局認定的國家計量認證合格單位。
開展知識創新工程以來，南京土壤研究所推動並參與實施了國家在土壤學及其相關領域的所有重大科技計劃。截至目前，先後主持了國家“973”項目6項，國家重點研發計劃項目8項，“863”重大項目1項，“863”重點項目12項，科技基礎性工作專項2項，重大科技專項課題4項，科技支撐計劃項目2項，公益性行業科技重大專項4項，國家自然科學基金重大項目2項、重大研究計劃課題6項，基金重點項目19項，基金國際合作重大項目11項等壹大批國家重大科技任務，充分體現了我所在土壤學及其相關研究領域的主導地位和整體競爭實力。近5年來，累計獲得18項各級科技進步獎，發表SCI論文1500多篇，國內核心期刊論文1200余篇，出版學術專著40余部，授權發明專利90多項。
截至2018年底，南京土壤研究所***有在職職工306人。其中科技人員223人、科技支撐人員58人，包括中國科學院院士2人，中國工程院院士1人，研究員及正高級工程技術人員64人、副研究員及高級工程技術人員92人。國家傑出青年科學基金獲得者10人。
南京土壤研究所是1981年國務院學位委員會批準的首批具有碩士和博士學位授予權的單位之壹，現設有農業資源與環境、環境科學與工程、生態學等3個壹級學科博士研究生培養點，土壤學、植物營養學、環境科學等11個專業二級學科碩士研究生培養點，並設有農業資源與環境、環境科學與工程、生態學3個壹級學科博士後流動站。
南京土壤研究所先後與30多個國家和地區建立了合作研究關系，與英國洛桑試驗站、蘇格蘭作物科學研究所、日本農業環境研究所、澳大利亞Melbourn大學、Griffith大學等壹批國際著名研究機構和大學簽訂了長期全面合作協議。2018年通過競爭成功獲得第23屆世界土壤學大會舉辦權。作為全球數字土壤制圖計劃亞洲中心、國際氮素行動計劃東亞中心、全球土壤夥伴計劃亞洲中心、全球土壤修復網絡亞洲中心，代表中國在國際土壤學組織以及重大科研行動計劃中持續發揮了主導作用。
南京土壤研究所是中國土壤學會、江蘇省土壤學會和全國土壤質量標準化技術委員會的掛靠單位；主辦Pedosphere、《土壤學報》、《土壤》等3份學術期刊，其中Pedosphere是我國唯壹的土壤科學英文學術期刊且被收錄為SCI源刊。
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