進入新世紀以來，學院在學科建設和專業建設方面取得了顯著成績。2007年新增“職業衛生與環境衛生學”為國家重點學科，“衛生毒理學”和“流行病學與衛生統計學”入選2006年江蘇省重點學科。2008年，“公共衛生與預防醫學”壹級學科入選江蘇省壹級學科重點學科。在江蘇省應用毒理學重點實驗室建設的基礎上，建立了現代毒理學教育部重點實驗室。《衛生毒理學》入選國家精品課程；預防醫學專業入選教育部特色專業建設點；2007年，我院申報的公共衛生與預防醫學人才培養模式創新實驗區成功入選國家人才培養模式創新實驗區。2008年，預防醫學入選江蘇省優秀教學團隊。
在過去的五年裏，學院在科研方面取得了顯著的成就。作為主持單位，先後承擔了“十壹五”國家科技支撐項目1、國家973項目2項、國家傑出青年科學基金1、國家自然科學基金重點項目1和壹般項目30項、教育部重大科技創新項目1等省部級項目。獲教育部高等學校自然科學獎壹等獎1，江蘇省科技進步壹等獎1，中國醫學科學技術獎二等獎3項，二等獎2項。出版教材/學術專著8部，發表學術論文300余篇，其中SCI收錄論文100篇。獲得3項發明專利授權。
學院十分重視國際合作和學術交流，積極派遣教師和研究生出國學習、講學和訪問。五年來，學院舉辦了6次高水平的國際國內學術會議；承擔國際交流合作項目5項，參加國際學術會議40余次。
江蘇省醫藥農藥獸藥安全評價研究中心這壹依托全院技術力量的高科技平臺，充分發揮專業優勢，積極開展職業衛生技術服務、農藥藥品安全性評價、保健食品毒理學安全性評價和功能評價、水和環境危害檢測分析等科技服務。同時，大力開展國際合作，承接海外科技服務項目，取得了顯著的經濟效益和社會效益。
鑒於學院在教學、科研和科技服務方面取得的顯著成績，學院於2006年榮獲“全國五壹勞動獎”。