為降低申請費用，歐洲專利申請通常在線提交。為避免申請時內容出現差異，建議將申請文件的圖形文件(PDF格式)提供給歐洲的專利代理人。據此，可以向歐洲專利局提交該圖形文件的申請。
另外，從排版文件(WORD格式)電子轉換的圖形文件，有時可能也會出現問題，如希臘字母等特殊文字等。
因此，在歐洲提交專利申請時，最好將排版文件打印後掃描的圖形文件提供給歐州的專利代理人。除此之外，為了在申請時或者申請後能夠更容易地修改權利要求及說明書，最好能提供排版文件原件。
(二)申請檢索結果的復印件
申請日為2011年1月1日以後的直接向歐洲提交的專利申請、PCT國際專利申請以及分案申請，還需要對主張優先權的申請提交與美國類似的檢索結果的復印件。如果沒有提交，審查員在審查時，可以要求在2個月期限內提交;如果不答復，該申請將被視為撤回。
(三)國際申請進入歐洲階段後的答復
以歐洲專利局以外的專利局為國際檢索單位或國際初審單位時，在進入歐洲階段後，歐洲專利局會撰寫補充檢索報告，其中包括與審查報告相同的意見書。
(四)非歐洲專利局的通用語言如何解決
歐洲專利局的通用語言為德語、英語或法語，如果提交專利申請的語言不是這些通用語言時，必須提交翻譯後的文件。
(五)分案申請
提交分案申請的原則是，母案申請仍在審查中。母案申請授權時，至歐洲專利局授權公報發布的前壹日，仍可以提交分案申請。另壹方面，母案申請被駁回時，至書面駁回通知作出之日起2個月的最後壹日也可以提交分案申請。如果請求復審，則在復審階段可以提交分案申請。
(六)指定發明人
PCT國際申請在進入歐洲階段時，不需要指定發明人。但是，包括分案申請的其他全部申請則需要指定發明人。該指定無需支付附加費。指定發明人時需要提供下述信息：發明人的姓名;發明人的郵寄地址等。