齊齊哈爾大學綜合實力相對更好壹些，下面多角度進行二者對比：
壹、學校榮譽對比
1、齊齊哈爾大學：是黑龍江省西部地區唯壹壹所省屬綜合性普通高等學校，黑龍江省屬三所綜合性大學之壹，是黑龍江省高水平大學和黑龍江省高教強省（壹期）重點建設高校。
2、佳木斯大學：是黑龍江省重點建設的省屬高水平大學，是“十三五”期間“國家百所中西部高校基礎能力建設工程（二期）支持高校”，是黑龍江省首批深化創新創業教育改革示範高校。
二、師資力量對比
1、齊齊哈爾大學：截至2020年10月7日，學校有專任教師1505人，其中高級職稱803人，擁有博士、碩士學位的教師占專任教師總數的84.32%，博士生、碩士生導師426人，聘有外籍教師42人。
教師中當選俄羅斯科學院外籍院士的教師1人，教育部新世紀優秀人才1人，“龍江學者”5人，省“六個壹批”人才1人，龍江科技英才1人，享受國務院特殊津貼、省政府特殊津貼專家5人。
獲得全國優秀教師、全國模範教師、省教學名師、省教學新秀、省教學能手、等國家級、省部級榮譽稱號者30余人。擁有6個省級領軍人才梯隊，3個省教學團隊、1個省優秀研究生導師團隊、2個省高校科技創新團隊。
2、佳木斯大學：截至2021年3月，學校有4000余名教職工(含3個附屬醫院)，其中1500余人具有高級職稱；入選教育部高等教育教學指導委員會委員2人，有9名省級教學名師，3個省級領軍人才梯隊，2個省級優秀研究生導師團隊，6個省高校科技創新團隊。
擁有***享“兩院”院士和龍江學者等壹批高水平人才。學校廣延名師，教師隊伍中湧現出國務院特殊津貼獲得者、全國模範教師、全國優秀教師等壹大批專家學者。
三、學術研究對比
1、齊齊哈爾大學：截至2019年7月，學校有1個教育部工程研究中心，6個黑龍江省重點實驗室，3個黑龍江省工程技術研究中心，2個黑龍江省高校重點實驗室，1個黑龍江省哲學社會科學研究基地，1個黑龍江省第二批重點培育智庫，擔任黑龍江省玉米深加工產業技術創新戰略聯盟理事長單位。
截至2019年7月，學校近五年來，先後獲批各類各級科研課題1700項，其中國家、省部級課題342項，作為合作單位獲國家技術發明獎二等獎1項，榮獲省部級以上獎勵105項，獲授權發明專利171項。
國家技術發明獎二等獎：銀杏二萜內酯強效應組合物的發明及制備關鍵技術與應用（2018年，參與完成）。
2、佳木斯大學：截至2018年10月，學校擁有教育部工程研究中心1個，省級重點實驗室3個，省高校重點實驗室3個，省高校科技創新團隊4個。
據2019年7月學校官網顯示，近三年學校獲得各級各類項目1174項，其中國家級項目32項，包括973計劃項目子課題1項、863計劃項目（合作）5項、國家基金23項、國家社科基金1項、國家科技支撐項目（合作）2項。
省部級課題71項，包括科技部“科技人員服務企業項目”3項、教育部項目4項、衛生部衛生行業科研專項1項、省自然基金55項、省科技攻關計劃項目6項、省社科基金項目10項；廳局級項目261項；市級項目334項；橫向合作項目26項。
據2019年7月學校官網顯示，學校***發表學術論文5877篇，被SCI、EI、SSCI、ISTP、CSSCI等收錄428篇，出版各類專著474部，獲得國家專利授權58項；***獲得各級科技成果獎勵合計253項，其中黑龍江省政府科技進步獎8項，黑龍江省社會科學優秀科研成果獎6項，廳局級成果獎勵32項、市政府成果獎勵217項。
以上內容參考百度百科——齊齊哈爾大學、百度百科——佳木斯大學