南京市秦淮區國家稅務局前身為南京市國稅局秦淮分局，1994年11月國地稅機構分設時成立，2005年9月機構調整時改為現稱。區局下設辦公室、人事科、法規科、收入核算科、納服科、稅源管理壹科、稅源管理二科、稅源管理三科、稅源管理四科、稅源管理五科***10個部門。區局現有85名正式在編人員，平均年齡43歲。擔負著秦淮地區8200多家企業和6700多家個體工商戶的稅收征管任務。近年來先後獲得“江蘇省文明單位”、“江蘇省國稅系統文明單位”全國稅務系統先進單位等榮譽稱號，多次被省局、市局和區委區政府評為文明單位；湧現了獲得“五壹勞動獎章”、江蘇省國稅標兵、南京市國稅系統十佳公務員等先進幹部。
負責流轉稅、所得稅等稅種的稅政業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣應用及認證報稅、數據采集、稽核管理工作；負責增值稅等稅種的日常稽核和日常管理性檢查工作；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；負責稅務行政訴訟和行政復議等事項；負責稅收協定執行、反避稅實施、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作等；負責涉稅法律事務；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行日常管理性監督檢查；負責對出口企業退免稅申報的審核和確認，組織落實本地出口貨源征稅情況並負責對外復函，負責本地出口貨物專用繳款書及分割單開具的檢查及指導工作；承擔稅種風險分析、出口退稅風險分析、大企業稅收風險分析；承辦領導交辦的其它工作。