1.如果那些專利在妳們簽訂之前已經公開了，那麽保密條款可能是無效的，不過請分清楚，外觀設計專利不會公開技術方面的內容的，所以保密條款如果涉及到技術內容（比如那個特殊截面是如何做出來的），那麽就算外觀設計專利已經在妳們簽訂保密協議之前公開也不影響保密條款的有效性。如果實用新型專利在妳們簽訂協議之前公開的，那麽保密條款也就無效了，或者實用新型專利什麽時候公開，那麽該保密條款也就無效了，不過有例外，比如實用新型專利中未公開的有關參數，可能還得保密條款內有效。所以說還得看妳們保密條款的具體內容和B公司給妳的具體技術細節來定。
2.不知道妳們授權協議是什麽？比如獨占許可，還是壹般許可，那些實用新型專利有沒有授權？。按照上面妳的問題裏提到，B公司在協議裏是不讓妳賣給別人的，那麽不管妳怎麽專利許可，那也得違約了該協議了。如果沒有那個協議的話妳被授權專利的公司應該可以制造和銷售的，妳賣給D公司也很正常，D公司也是合法買過來的，對D公司來講B公司的專利已經權力用盡，不會侵權了，就算有那個協議D公司也不侵權。
3.2001年的那個專利是外觀設計，因此不涉及技術內容，因此就算到2011年，那這種鋼材還會受到那些實用新型專利的影響的，壹般情況下外觀設計專利不會影響實用新型和發明專利的專利性的。所以那些實用新型專利仍然繼續有效。當然，妳可以考慮找其他證據（比如其他公開的技術文獻）來無效那些實用新型專利的，這方面妳可以找專業人員來幫妳處理。
4.當然可以申請無效，請求某個專利無效是任何人都可以提的。但是那個保密協議是否無效不好說，因為不知道那個保密協議裏有沒有在那些專利裏未公開的內容，比如生產有關的參數等。所以還得看妳們之間的協議的具體內容而定。假如說那些實用新型專利已經公告並且完全按照那些專利裏的內容能做出那個特殊截面鋼，那麽該保密條款應該隨著那些專利的公告而變無效。但是保密條款以外的那些限制條款，比如不讓妳賣給別人的條款恐怕繼續有效。
如果還有不明白的地方還可以繼續問，我不是為了賺那個分數的。