有很多關於蛋白質機器放置的知識。首先，蛋白機吸的水應該是魚缸表面的水，因為蛋白質會凝結在水面上，所以最好的辦法是直接用溢流箱的水餵蛋白機。但在沒有其他辦法的情況下，最好將蛋白機放在過濾筒內水位最低的夾層內，並盡量將給水泵放在水面上。過大的過濾筒也會造成蛋白過於分散，使蛋白機效率低下。另壹個規律是將溢流箱中的水引入壹個只能裝下蛋白機或蛋白機電機大小的容器中，裝滿後再讓水回流到過濾筒中，以保證容器中的蛋白機或電機能夠從蛋白中引入豐富的水，這樣可以大大影響蛋白機的功率。魚缸表面凝結不出壹層油狀的蛋白質。如果有，說明循環電機功率不足，可以設置另壹臺水電機將水面的油吹到溢流箱。
市場上知名的高檔品牌和設計原理可分為逆流式、文丘裏式、venture+real leaf馬達、beckett閥門、Aqua-C噴霧噴射器。更高檔的蛋白機設計采用內循環打馬，即由主電機將蛋白機內的水抽走。低檔產品主要用氣泡石泵充氣。
空氣石型:這是市面上最低但最便宜的蛋白機，因為泵抽的空氣壓力壹般不大，只能推少量的水，而且很難調節。除非是小魚缸，養的生物很少，否則這個蛋白機可以說是沒用的。
文丘裏型蛋白機壹般比較經濟，但是動力比空氣石型強很多。壹般有出水管調節水位。註意選擇易拆易洗的，有大的汙水儲槽。這種設計功耗較低，多用於中小型魚缸、魚類養殖或更耐打的軟件。更大的魚缸和對水質要求高的軟件最好用其他更高效的方式設計。這種設計被臺灣制造的宏和無數小品牌采用。
逆流是ETSS品牌的專利。這個品牌把魚缸裏的水引入壹個裝滿生化球的丙烯酸混合塔，讓水和空氣混合，然後用電機抽送。這個牌子是老牌子了，有它的支持者，但是裝生化球的混氣塔需要清洗，氣泡顆粒較粗。然而，有很多只養魚的大缸或只養幾條魚的軟缸。
針輪:這是目前最流行的高蛋白阻斷機的設計。空氣通過文丘裏管混入水中，然後通過電機的針將空氣分散。得到的氣泡很細很多，電機需要的瓦數也不大。而且由於電機的進水口不大，室內的水能在蛋白堵機內停留的時間會延長，會增加蛋白和空氣凝結的時間。是壹臺效果非常好的蛋白機，但是因為是針狀水泵，壹個電機能處理的水量有限，大型魚缸需要的針狀蛋白機需要2-3個以上的電機。能源消耗會大大增加。但是針蛋白機清洗方便，效率高，對於中等大小的硬珊瑚缸非常有用，尤其是在水質很關鍵的時候，相當多的知名品牌都采用了這種設計。(Royal Exclusiv、Deltec、H & amps，歐礁，ASM都是公認的頂級蛋白機。有些品牌還有更高檔的內循環機型，采用獨立電機進淡水，針電機循環蛋白機內的水，讓機器內的水在蛋白機內停留更長時間，讓水質上壹層樓。
貝克特閥門:
貝克特氣閥的蛋白機需要強水壓驅動，氣泡很細，但是水流量大，耗電量大，比較適合大型蛋白機。壹般認為適用於大型珊瑚缸或魚缸。這個設計要註意選擇正確的電機，而不是以水量的多少來判斷是否合適。有些低價的潛水電機水量大但水壓低，無法有效推動氣閥。還不如買個高壓外接電機。有人認為Beckett valve的蛋白機因為進水量大導致水停滯的時間太短，但是新壹代內循環式應該會徹底糾正這個問題，另外更高的高度設計可以大大延長蛋白機水停滯的時間，大大提高效率。另外還要註意氣閥不堵塞，蛋白機壁要經常清洗。比如美國的MRC(我的造礁)和Barr Aquatic都是Beckett蛋白機，效率高，非常適合2000升以上容量的大缸，價格也會比能處理同樣水量的針狀型低很多，因為不需要幾個電機。
噴霧註射器:這是Aqua-C的專利設計，有點類似貝克特的類型。氣閥是靠水壓驅動的，但是不需要貝克特那麽大的水壓，除非有石頭或者小螺絲卡在有進水口的氣閥上，否則不會堵塞。但產生的氣泡較粗，管壁要經常清洗。Aqua-C也會因為水質的變化而暫時(有時幾個小時)不起泡，特別是在投餵後翻底沙的時候。不過Aqua-C的效率還是不錯的，價格也不算太高，支持者也不少。他的外置Remora可以做小缸，賣的很好，算是物美價廉。如果價格是壹個問題，Aqua-C是壹個低價位的高端選擇。