註意，化學合成的RNA通常需要通過運行凝膠電泳(即PAGE凝膠純化)來純化
B.避免RNase汙染:少量的RNase會導致siRNA實驗失敗。因為RNase在實驗環境中是無處不在的，比如皮膚、頭發、手接觸到的或者暴露在空氣中的所有物品，所以保證實驗的每壹步都不被RNase汙染是非常重要的。
C.健康的細胞培養和嚴格的操作保證了轉染的可重復性:壹般健康細胞的轉染效率較高，另外較低的傳代次數可以保證每次實驗所用細胞的穩定性。為了優化實驗，建議轉染50代以下的細胞，否則轉染效率會隨時間明顯下降。
D.避免使用抗生素:Ambion建議從細胞植入到轉染後72h避免使用抗生素。抗生素會在滲透細胞中積累毒素。當轉染siRNA時，壹些細胞和轉染試劑需要無血清條件。在這種情況下，可以同時使用正常培養基和無血清培養基進行對比實驗，以獲得最佳的轉染效果。
E.選擇合適的轉染試劑:根據siRNA制備方法和靶細胞類型的不同，選擇好的轉染試劑並優化操作對siRNA實驗的成功至關重要。
F.通過適當的陽性對照優化轉染和檢測條件:看家基因對於大多數細胞來說是良好的陽性對照。將不同濃度的陽性對照siRNA轉移到靶細胞中(也適用於實驗靶siRNA)，轉染48小時後，計算對照蛋白或mRNA相對於未轉染細胞的減少水平。過量的siRNA會導致細胞毒性甚至死亡。
G.通過標記siRNA優化實驗:熒光標記的siRNA可用於分析siRNA的穩定性和轉染效率。標記的siRNA還可以作為siRNA的細胞內定位和雙標記實驗(用標記抗體)來追蹤轉染時導入siRNA的細胞，將轉染和下調目的蛋白表達結合起來。