根據《專利法》第四條的規定，涉及國家安全或者重大利益的發明創造，需要按照有關規定申請保密專利。
壹般而言，涉及國家安全的發明創造主要是指國防專用或者對國防有重大價值的發明創造;涉及國家重大利益的發明創造是指涉及國家安全以外的其他重大利益的發明創造。這些發明創造的公開會影響國家的防禦能力，損害國家的政治、經濟利益或削弱國家的經濟、科技實力。對於軍民兩用的發明創造，申請人如果希望其發明能夠推廣應用，就不宜申請保密專利。申請保密專利的發明創造不包括實用新型和外觀設計。
涉及國防利益需要保密的專利申請，由國防專利局進行審查，經審查沒有發現駁回理由的，由專利局根據國防專利局的審查意見作出授予國防專利權的決定，並委托國防專利局頒發國防專利證書，同時在專利公報上公告國防專利的專利號、申請日和授權公告日。
國防專利復審委員會作出宣告國防專利權無效決定的，專利局應當在專利公報上公告專利號、授權公告日、無效宣告決定號和無效宣告決定日。
涉及國防利益以外的國家安全或者重大利益需要保密的發明或者實用新型專利申請，由專利局按照以下程序進行審查和管理。
審查員應當對確定需要保密的專利申請案卷作出保密標記，在對該專利申請作出解密決定之前，對其進行保密管理。保密專利申請的初步審查和實質審查均由專利局指定的審查員進行。
對於發明專利申請，初步審查和實質審查按照與壹般發明專利申請相同的基準進行。初步審查合格的保密專利申請不予公布，實質審查請求符合規定的，直接進入實質審查程序。經實質審查沒有發現駁回理由的，作出授予保密發明專利權的決定，並發出授予發明專利權通知書和辦理登記手續通知書。
對於實用新型專利申請，初步審查按照與壹般實用新型專利申請相同的基準進行。經初步審查沒有發現駁回理由的，作出授予保密實用新型專利權的決定，並發出授予實用新型專利權通知書和辦理登記手續通知書。
保密專利申請的授權公告僅公布專利號、申請日和授權公告日。