據此，如果審查員對申請進行實質審查後認為不符專利法和實施細則規定的，主要是不符合專利授權三性要求尤其是新穎性和創造性要求的，會通知申請人並要求其在指定期限內陳述意見或修改申請文件。
有的申請人在遞交申請文件之前的確做了比較充分的撰寫工作和其他準備，壹旦接到審查員比較嚴厲的審查意見會備感意外，對專利技術前景自信不足。其實 申請人不必在接到否定的審查意見後承擔過度的心理壓力。發明專利的在技術上的復雜性常常會導致審查員之間，甚至知識產權局專利局與委員會之間，專 利復審委員會和法院之間的觀點沖突。畢竟對專利三性的判斷尤其是對創造性的判斷問題上很大程度依靠審查員個人考慮問題的角度和對技術與法律本身的主觀理 解。所以在專利的實質審查過程中，審查員發出審查意見通知書要求申請人陳述意見或者修改申請文件是非常正常的現象，相當壹部分發明專利申請都會經歷壹次或 者兩次意見陳述或修改，申請人應該抱著平常心沈著應對。
當然，需要指出的是專利審查是非常強調程序法定的行政行為。申請人向審查員陳述意見或者修改申請文件時應該特別註意嚴格在法律規定的時間內進行。審 查指南規定： 在審查意見通知書中，審查員應當指定答復期限。該期限由審查員考慮與申請有關的因素後確定。這些因素包括：審查意見的數量和性質；申請可能進行修改的工作 量和復雜程度等。答復第壹次審查意見通知書的期限通常為四個月。
如果出現再次審查意見通知書的情況，審查指南的規定為再次審查意見通知書指定的答復期限通常為兩個月。另外，申請人可以請求延長指定的答復期 限。但是，延長期限的請求應當在期限屆滿前提出。但如果申請人無正當理由逾期不答復的，該申請即被視為撤回。