現有1個總館，3個分館，20個專業館。總面積52000平方米，閱覽座位5066席，藏書總量300萬冊，各類數據庫40余種。 至2013年4月設有8部壹室。包括：文獻編目部、流通閱覽部、綜合工作部、信息咨詢部、技術服務部、特藏部、讀者服務部、文獻資源建設部和行政辦公室。擁有2個站點、3個中心、2個成員館：新疆維吾爾自治區科技查新站、國家科技圖書文獻中心（NSTL）新疆生產建設兵團服務站、新疆生產建設兵團知識產權信息中心、地方專利信息服務中心、大學數字圖書館國際合作計劃（CADAL）新疆兵團服務中心，中國高等教育文獻保障系統（CALIS）成員館、中國高校人文社會科學文獻中心（CASHL）成員館。
根據石河子大學擁有的農、醫、工、經、管、文、理、法、教、史十大學科的設置與專業特點，圖書館在保證重點、照顧壹般的原則下，所訂書刊基本滿足了全校師生教學、科研的需要。石河子大學圖書館館藏中、外文書刊300萬余冊，年訂中、外文期刊3000余種、報紙180種，購入萬方、維普、CNKI、Springer LINK、SDOS等中外文電子圖書、期刊數據庫等數字資源40余種，自建了《新疆棉花植保數據庫》和《石河子大學學位論文數據庫》；並與國內1000多個單位建立了資料交換關系；館內珍藏有《四庫全書》、《傳世藏書》、《中華再造善本》等多部珍貴文獻。
石河子大學圖書館於2011年3月成立特藏部，由原兵團資料文庫和古籍文獻書庫合並組建，增加了中亞文獻及珍藏文獻資源。按照學校“立足兵團、服務新疆、面向全國、輻射中亞”的辦學定位，特藏部在為大學科研服務的同時，將保藏和傳承各地文獻的歷史使命作為自己的責任和義務。成立以來，特藏部對新疆兵團文獻、新疆屯墾戍邊文獻、中亞文獻、古籍文獻的收集、整理、開發利用及保護做了大量的基礎性工作，並將藏書特色定位為“兵團文獻、中亞文獻為主，古籍文獻及珍稀文獻為輔”。