全稱：水利部 交通運輸部 國家能源局南京水利科學研究院。
南京水利科學研究院建於1935年，原名中央水工試驗所，是我國最早成立的水利科學研究機構；2001年被確定為國家級社會公益類非營利性科研機構。主要從事基礎理論、應用基礎研究和高新技術開發，承擔水利、交通、能源中具有方向性、關鍵性和綜合性的科學研究任務，兼作水利部大壩安全管理中心、水利部應對氣候變化研究中心、水利部基本建設工程質量檢測中心、水利部南京計量檢定中心。
歷經70多年的發展，經過幾代人的***同努力，面向國際水利科學發展前沿，圍繞國家經濟社會發展需求，南科院已發展成為擁有30多個具有壹定特色和優勢的專業研究方向、在國內外具有重要影響的綜合型水利科研院所。現設有水文水資源、水工水力學、河流海岸、巖土工程、材料結構、大壩安全與管理、農村電氣化、水利水文自動化等8個研究所和水利信息技術研究中心，並設有南科院勘測設計院、江蘇南水土建工程公司、南京瑞迪高新技術公司、江蘇科興工程建設監理有限公司、江蘇運達科工貿公司等研究開發機構。建設有水文水資源與水利工程科學國家重點實驗室、水利部水科學與水工程重點實驗室、港口航道泥沙工程交通行業重點實驗室、通航建築物建設技術交通行業重點實驗室、水利部水文水資源工程技術研究中心、水利部水工新材料工程技術研究中心、水利部水文水資源監控工程技術研究中心等科技創新平臺。
南科院占地面積600余畝，已建成南京鐵心橋水科學水工程試驗研究基地和安徽滁州流域水文生態環境實驗基地，擁有40多座試驗大廳，試驗室面積達12萬m2,各類儀器設備6000多臺(件)，藏有中、外文圖書、資料和期刊32萬卷冊。承辦並定期公開出版《水利水運工程學報》、《海洋工程》、《China Ocean Engineering》(英文版，國內外發行，EI全文檢索)、《巖土工程學報》(EI全文檢索)、《水科學進展》(EI全文檢索)、《小水電》、《SHP News》、《水利信息化》等8種期刊。國際水文科學協會中國國家委員會、中國海洋工程學會、中國水利學會巖土工程專業委員會、中國水力發電工程學會高壩通航專業委員會、中國水力發電工程學會小水電專業委員會等辦事機構設在南科院。
南科院秉承“科學、規範、誠信、卓越”的科研質量方針，發揚“勤奮、嚴謹、求實、創新”的科研精神，組織開展重大科學技術問題研究，取得了壹大批重要研究成果，為我國的水利、交通、能源的建設和管理培養了大批人才，解決了國家工程建設中的壹系列重大關鍵技術問題，為國家經濟社會發展作出了重要貢獻。1978年全國科技大會至2009年，提出科研成果報告7100余篇，在國內外公開發表論文5400余篇，出版專著314部，獲國家發明和實用新型專利53項，國家和省部級科技進步獎447項，其中國家級獎勵76項。2000年通過ISO9001質量體系認證。目前擁有水利工程、水電、港口河海工程、水文地質、巖土工程咨詢甲級資質；水文、水資源調查評價甲級資質；規劃環境評價資質；水運行業、工程勘察、水利行業、建築行業等勘察設計資質；水利工程、水運工程、公路工程甲級監理資質；以及地基與基礎工程、防腐保溫工程專業承包資質。
南科院已與80多個國家和地區的高等院校和科研院所建立了良好合作關系並擁有直接進出口權；中國政府和聯合國開發計劃署聯合在南科院設立了亞太地區小水電研究培訓中心。
南科院是國家首批相關學科博士、碩士學位授予權單位，現設有水利工程壹級學科博士點，以及巖土工程學科博士點和環境工程等9個學科碩士點，並設有水利工程博士後流動站。