壹、方式不同
1、形式審查：商標局收到商標註冊申請件後，首先進行的是形式審查。
2、實質審查：是指國家專利局對申請專利的發明的新穎性、創造性、實用性等實質性內容所作的審查。
二、內容不同
1、形式審查：：申請書件的審查(文件是否齊全、填寫是否規範、簽字/印章是否缺少)、對商標圖樣規格、清晰程度及必要的說明的審查、分類審查(對填報的商品/服務項目的審查)。
2、實質審查：是商標註冊主管機關對商標註冊申請是否合乎商標法的規定所進行的檢查.資料檢索，分析對比.調查研究並決定給予初步審定或駁回申請等壹系列活動。
三、特點不同
1、形式審查：主要審查申請人是否具有申請註冊商標的主體資格和申請人申請商標所指定保護的商品是否符合法律規定。
2、實質審查：可以根據申請人隨時提出的請求，對其申請進行實質審查； 申請人無正當理由逾期不請求實質審查的，該申請即被視為撤回。
法律依據
《中華人民***和國專利法》第三十五條 發明專利申請自申請日起三年內，國務院專利行政部門可以根據申請人隨時提出的請求，對其申請進行實質審查;申請人無正當理由逾期不請求實質審查的，該申請即被視為撤回。國務院專利行政部門認為必要的時候，可以自行對發明專利申請進行實質審查。
《中華人民***和國專利法》第三十九條 發明專利申請經實質審查沒有發現駁回理由的，由國務院專利行政部門作出授予發明專利權的決定，發給發明專利證書，同時予以登記和公告。發明專利權自公告之日起生效。