1，概念不同
證券登記結算機構從名稱上指中國證券登記結算有限責任公司，其主要職責是登記和結算股份的數量和流通情況。證券交易所是為證券集中交易提供場所和設施，組織和監督證券交易，實行自律管理的法人。
證券公司是專門從事證券交易的法人企業，分為證券管理公司和證券登記公司。經主管機關批準，並向有關工商行政管理部門領取營業執照，專門經營證券業務的機構。具有證券交易所會員資格，可以承銷發行、自營或代理買賣證券。普通投資者的證券投資必須通過證券公司進行。
2.不同的功能
證券公司是指經證券主管機關依法批準設立，在證券市場經營證券業務的金融機構。其業務主要包括代理發行證券；代理證券交易或自營證券交易；兼營和收購業務；研究和咨詢服務；資產管理；其他服務。
證券交易所是證券買賣雙方公開交易的場所，是有組織的、固定場所的、集中的證券交易市場。證券交易所本身不買賣證券，也不決定證券的價格。而是為證券交易提供壹定的場所和設施，配備必要的管理和服務人員，對證券交易進行精心組織和嚴格管理。
在我國，《證券法》指出“證券交易所是為證券提供集中競價交易場所的不以營利為目的的法人”。目前，中國大陸有兩大證券交易所:上海和深圳。深圳證券交易所和上海證券交易所分別是深圳證券交易所和上海證券交易所的簡稱。
中國證券登記結算中心隸屬於中國證監會，主要負責證券賬戶和結算賬戶的設立和管理，以及證券和資金的清算和結算。
3.不同的特點
證券交易所有以下特點:證券交易所壹般是依法設立的合法組織。根據我國證券法的規定，證券交易所的設立和解散由國務院決定。證券交易所是集中競價交易的場所。所謂集中競價，就是所有的證券經紀人和交易商主要集中在這個地方，通過競爭從事證券代理或自營交易活動。證券交易所是證券交易的組織者。
證券交易所是特殊的法人。交易所在法律上有獨立的地位，但它本身並不參與交易。除了作為交易的組織者提供服務外，還需要履行法律法規賦予的壹線監管職能。
證券交易所和證券登記結算公司雖然是兩個單位，但是是壹回事。證券登記結算公司此前是從交易所分離出來的。前者負責交易，後者負責結算。證券公司代表投資者向交易所發送交易指令，交易所負責成交。收盤後將交易數據傳送到結算公司，結算公司每天4點左右與證券公司進行結算，錢貨正式易手。