(1)子公司是法人，有自己的名稱、章程和組織機構。它以自己的名義進行活動，並承擔自己在經營過程中產生的債權和債務。分公司不具有企業法人資格。沒有名稱的，應當在名稱前冠以下屬公司的名稱，下屬公司是依法設立的，只是公司的分支機構。
(2)母公司對子公司的控制必須滿足壹定的法律條件。母公司壹般不直接控制子公司，更多的是間接控制，即通過任免董事會成員和投資決策來影響子公司的生產經營決策。但是，分公司就不壹樣了。其人員、業務和財產受關聯公司直接控制，在關聯公司經營範圍內從事經營活動。
(3)承擔債務的方式不同。母公司作為子公司的第壹大股東，僅以其對子公司的出資額為限，對子公司經營活動中的債務承擔責任；作為法人，子公司以其全部財產對其經營責任承擔責任。由於分公司沒有自己的財產，在經濟上與關聯公司壹起核算，所以其經營活動中的負債由關聯公司清償，即關聯公司以其全部資產為限對分公司經營中的債務承擔責任。
從上面可以看出，子公司和分公司的稅收優惠差別較大，公司和企業在選擇組織形式時要仔細比較，統籌考慮，正確規劃。但總的來說，這兩種組織形式之間最重要的區別是:
子公司是壹個法人實體，在成立地國被視為居民納稅人，通常承擔與該國其他公司相同的綜合納稅義務。分支機構不是法人單位，在設立地國被視為非居民納稅人，只承擔有限的納稅義務。分公司的損益要和總公司合並，也就是“合並報表”。我國稅法也規定，公司下屬分支機構繳納的收入有兩種形式:壹種是申報納稅；壹是並入總公司收稅。納稅形式取決於公司分支機構的性質——是否是企業所得稅的納稅人。