子公司:法律上完全獨立的公司。它不僅是壹個獨立的會計主體，也是壹個獨立的納稅人。也就是說，子公司要有完備的工商登記和稅務登記手續。子公司是獨立的法人，有自己獨立的名稱、章程和組織結構。以自己的名義進行活動，經營過程中發生的債權債務由自己獨立承擔。
分行:不是獨立法人，不具有法人資格，其民事責任由總行承擔。不過還是要在經營地的工商部門辦理註冊手續，只是手續比較簡單，不需要在首都繳納，可以由總部設立。沒有壹個分支機構有註冊資本的概念。
2.納稅方式的差異
子公司:獨立法人，獨立從事經營活動，獨立核算，完全獨立納稅，在企業註冊地稅務機關分別繳納增值稅和所得稅。
分支機構:雖然不是獨立法人，但通常獨立從事經營活動，需要在當地稅務機關繳納增值稅，屬於單獨的增值稅納稅人。特殊情況下，除經國務院財政稅務機關或其授權的財政稅務機關另行批準外，由總機構支付。
3.承擔風險的差異。
子公司:作為獨立法人，擁有自己獨立的法人財產，承擔獨立的民事責任和義務。因此，如果遇到經營風險，它只需對自己的法人財產承擔有限責任。
分公司:不是獨立法人。如果分公司出現經營風險，總公司會負全責，總公司和分公司的關系是無限的。
4.資格的差異
子公司:作為獨立的法律主體，也是獨立的融資平臺，可以自行獲得金融機構和投資機構的融資；對於壹些受政府監管，必須取得經營資質才能開展經營活動的行業，子公司必須重新取得資質，不能使用母公司的經營資質。
分公司:不是獨立法人，無法獨立募集資金，只能在總部公司的平臺上獲得資金；在經營資質方面，分支機構可以直接使用總部企業的資質，不需要重新申請。所以對於壹些特殊行業，比如建築，基本沒有子公司，而是以分公司和項目部的模式運作。