1.自然人股東是特定的人，享有並直接行使股東權利，承擔義務，如參加股東大會、查閱財務會計資料、領取股利等。
2.法人股東是壹個組織。作為依法擬定的抽象實體，其權利義務需要通過具體人的行動來履行。方式是派股東代表以授權程序代其完成，後果由機構承擔。
3.本質區別在於權利義務行使方式的不同。
相對於法人股東，自然人股東是具有公民身份的個人投資者。他對公司出資後，到公司所在地的工商局登記，登記公司股權，成為自然人股東。自然人是基於自然出生而依法享有民事權利和承擔義務的個人。股東是股份制企業的投資者。
公司持股與個人持股的區別
基本上沒什麽區別。公司作為公司投資者，享有與個人同等的權利。要把握壹點，股份公司的每壹股都是壹樣的，權利的行使取決於持股的多少。至於所得稅和紅利稅，最近的壹個政策和持有期有關。公司持有的股份壹般是國有股，公司是控股方，有表決權。個人股份是個人的責任，公司整體是公司的責任。
法律依據:
中華人民共和國公司法
第三條公司和股東責任的界定公司是企業法人，具有獨立的法人財產和法人財產權。公司以其全部財產對其債務承擔責任。有限責任公司的股東以其認繳的出資額為限對公司承擔責任；股份有限公司的股東以其認購的股份為限對公司承擔責任。
第壹百零三條股東出席股東大會，所持每壹股份有壹票表決權。但是，本公司持有的本公司股份沒有表決權。股東大會作出決議，必須經出席股東所持表決權的半數以上通過。但是，股東大會作出修改公司章程、增加或者減少註冊資本的決議，以及公司合並、分立、解散或者變更公司形式的決議，必須經出席會議的股東所持表決權的三分之二以上通過。