SO9001系統中，常見的認證流程如下:
(1)按照ISO 9001標準的要求，建立文件化的質量管理體系，指導企業實施、保持和改進質量管理體系；
(2)按文件化的ISO9001質量管理體系要求運行至少三個月，按文件要求至少進行壹次管理評審和內部質量體系審核，使組織具有自我改進和自我完善機制；
(3)向國家認可機構認可的認證機構申請ISO9001認證，並與認證機構簽訂認證合同，確定認證範圍(包括名稱、地點、產品、活動)；
(4)認證審核前壹個月，向認證機構提交認證審核所需的資料，壹般包括:申請書、質量手冊、程序文件、產品或服務流程、營業執照等。
(5)認證機構指定審核小組對組織提交的文件進行審核，審核小組對組織提交的文件做出結論，並編制審核計劃，告知組織具體的審核日程；
(6)審核組根據審核計劃的安排，對組織進行現場審核。在現場審核過程中，采用提問、談話、查閱文件、現場觀察和實測等方法獲取審核證據，評價組織質量管理體系的有效性，提出現場審核建議；
(7)現場審核通過後，認證機構技術委員會對認證審核資料進行審核，做出最終認證結論。最後由認證機構向組織頒發認證證書，認證證書有效期三年；
(8)獲得認證證書的組織必須在證書有效期內每年至少接受壹次認證機構安排的監督審核，以確認組織質量管理體系運行的有效性。認證證書有效期滿後，組織繼續向認證機構申請復評。