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跨國公司稅制的確定應考慮稅收目標和稅收調節經濟目標的協調，並妥善處理二者之間的關系。總的來說，稅收目標和調控經濟目標是對立統壹的。所謂對立，就是兩個目標是不同的概念，目標往往具有排他性。在強調稅收目標時，如果經濟發展落後，稅源狹窄，稅負必然增加，稅收對經濟的調節可能帶來負面效應。發展中國家尤其如此，政府承擔更多職能，需要更多稅收，但經濟規模小。為實現收入目標，可能會增加納稅人的稅收負擔，最終抑制經濟增長。因此，發展中國家尤其應該處理好經濟增長目標和稅收目標之間的關系。在引進跨國公司直接投資時，東道國政府應優先考慮經濟增長，在制定稅收政策時考慮稅收目標。在過去的十年裏，中國很好地處理了這兩個目標之間的關系。由於對外商直接投資給予了大量的稅收優惠，外商直接投資數額巨大，中國經濟總規模翻了壹番，稅源也拓寬了。雖然稅率低，但外資企業稅收大幅增長。今後，隨著世界經濟壹體化的深入、中國加入世界貿易組織和經濟發展的需要，在制定跨國公司稅收政策時，引進外資和促進經濟增長仍應是首要任務。
2.跨國公司稅法的制定
跨國公司稅法的制定是跨國公司稅收活動的重要環節，是跨國公司稅收制度和稅收政策的體現。跨國公司從事主權國家之間的生產經營活動。對跨國公司征稅涉及主權國家利益，對跨國公司的稅收監管代表國家主權。所以跨國公司的稅法應該更權威，跨國公司的稅法應該由主權國家的最高權力機構頒布，這是國際上比較通行的方法。西方發達國家實行法制時間較長，立法理念成熟，立法程序嚴格，立法水平高，立法模式科學。因此，跨國公司的稅收立法非常嚴格、簡潔、具有可操作性，保證了西方國家跨國公司高質量的稅收法規體系，為跨國公司稅收征管的高效率奠定了堅實的基礎，也加強了跨國公司稅收政策的全面執行。
中國改革開放20年來，立法體系逐步完善，跨國公司稅收立法也取得了成績。但是，在華跨國公司稅法只有少數是由全國人大頒布的，大部分是國務院頒布的法規和部門、地方性法規，不具有權威性，不利於維護跨國公司利益，與國際慣例也不兼容。隨著我國加入WTO的需要和跨國公司的大量出現，提高在華跨國公司稅收立法水平顯得尤為重要。應盡快清理和整頓多而雜的跨國公司稅收法律法規，建立高層次、簡明、統壹、科學、符合國際慣例的跨國公司稅收法律制度，確保跨國公司稅收活動的高效運行和稅收調控的高效率。在立法過程中，要按照立法法的規定，嚴格立法程序，進行科學論證，深入調查研究，堅持公平、公開、透明的原則，制定符合國際慣例的跨國公司稅收法律制度。
3.跨國公司的稅收征管
跨國公司稅收征管是稅法從規定變為現實的實施和運作過程，是稅收調控主體作用於客體的過程，在稅收征管活動中具有重要意義。稅收征管活動包括兩個階段:征收過程和管理過程。在征收階段，稅務機關按照稅法規定，采用特殊方法確定營業收入、成本、利潤等指標，最終計算稅款，上繳國庫，實現稅收目標。這個過程也是稅收調控的實施階段。在稅收過程中，跨國公司、母國和東道國的物質利益進行再分配，跨國公司會根據利益最大化原則改變行為，體現了稅收調節的經濟功能。如果這壹階段缺失或者沒有嚴格按照稅法規定執行，稅收目標可能達不到預期規模，稅收調控可能達不到預期效果。稅收管理的過程主要是稅收管理主體為客體設定壹系列納稅手續、計稅、稅務檢查、違法處理等相關稅務事項，是稅收收入足額入庫的保障，是稅收調控功能發揮的保障。世界上幾乎所有國家都制定了專門的稅收征管法律，以規範稅收征管流程，保證稅收制度的準確實施，保證稅收調控經濟目的的實現。
跨國公司的稅收征管還涉及跨國公司母國和東道國之間的協調，許多國家都制定了具體的合作辦法。比如，國際稅收協定規定了簽署方有義務相互提供稅收信息，交換信息，共同防止跨國公司逃稅，還規定了稅收協定的相關條款，防止濫用；歐盟有《互助指令》和《稅務互助公約》。經合組織制定了同期的經合組織審計示範協定，等等。這些都規定了稅收征管的國際合作，加強了跨國公司的稅收管理，保證了跨國公司稅收調控預期目標的實現。中國在這方面比較落後，應該加快跨國公司稅收征管的國際合作步伐。
4.跨國公司的稅收正義
跨國公司稅收司法是指具有司法權的國家機關在憲法和法律規定的職權範圍內，依照法定程序對涉及跨國公司的稅收糾紛和稅收犯罪進行審理和判決的活動。跨國公司稅收司法主要包括稅收行政訴訟和稅收刑事訴訟。稅務行政訴訟的程序是原告起訴、法院受理、案件審理、判決和執行。稅收刑事訴訟的司法程序包括稅務機關將違法案件移送檢察院，檢察院受理後立案，做好起訴準備。檢察院審查後，對依法必須追究刑事責任的人提起公訴，法院受理並立案審理。稅收司法懲罰違反稅法的犯罪分子，解決有爭議的案件，保證跨國公司稅收制度和稅收政策的實施，是跨國公司稅收征管活動順利進行的保障，也是跨國公司國家稅收政策實現的保障。跨國公司的稅收管理還要求有關國家按照國際法的規定密切合作，在跨國公司的取證、逮捕和審判活動中充分配合。由於許多國家的法律制度存在差異，跨國公司稅務案件的處理需要有關國家之間的具體協調，盡可能在法律框架內妥善處理各方的稅收利益，使違法者受到應有的懲罰。
二、跨國公司稅收控制機制的本質運動形式——收入的變化
跨國公司稅收控制機制的本質運動主要是指通過稅收改變母國與跨國公司、東道國與跨國公司、母國與東道國之間的物質利益，即改變跨國公司、東道國和母國的收入。收入變化包括以下內容:
1.商品稅負變化對收入變化的影響
商品稅負的變化對收入變化的影響，可以通過商品稅負的最終歸宿來分析。許多學者對商品稅的歸宿進行了局部均衡分析和壹般均衡分析。在局部均衡分析中，得出商品稅的歸宿取決於應稅商品供求曲線的相對彈性。在需求曲線固定的情況下，供給曲線彈性越小，商品生產者的稅負越重。當供給曲線固定時，需求曲線彈性越小，商品的消費稅負擔越重。通過壹般均衡分析發現，稅收由生產者承擔，生產者收入減少，收益減少；壹般來說，稅率越高，稅負越重，收入下降越大。以上說明，對跨國公司征收商品稅會影響其收入，從而影響其行為。
跨國公司的商品稅負如何改變收入？因為商品稅和邊際成本是有相關性的(原因是邊際成本和固定成本無關，只和可變成本有關，可變成本隨著產量的增加而增加，所以邊際成本也隨著產量的增加而增加；由於商品稅與產量成正比，與邊際成本正相關，這就決定了商品稅具有通過與價格機制的相互作用引起收入變化的功能。如果對跨國公司征收商品稅，跨國公司的邊際成本會上升三升。如果產品的市場價格上漲，就會產生替代效應，消費者的消費行為就會發生變化。在庫存不變的情況下，跨國公司的銷量會受到影響，最終跨國公司的收入會發生變化。如果價格不變，跨國公司的商品稅負會增加邊際成本，直接減少企業利潤，導致收入下降。至於收入變化的幅度，取決於稅率、市場的供求和產品的供求彈性。
2.所得稅負擔變化對收入變化的影響
所得稅負擔變化對收入變化的影響可以通過分析企業所得稅負擔的最終歸宿來確定。因為企業所得稅的對象是經濟體系中的所有公司，而不是某個行業的公司，所以需要用壹般均衡分析來分析企業所得稅的歸宿。許多學者(如美國阿諾德·C·哈伯格)在分析了可能的影響因素後認為，在所有情況下，公司承擔了幾乎全部的企業所得稅。因此，征收企業所得稅必然會減少公司的收入。企業所得稅稅率越高，稅負越重，收入下降越大。有學者認為，由於很多公司具有相當程度的壟斷性，可以很容易地提高價格，將部分稅負轉嫁給消費者。但無論從什麽角度來看，企業所得稅帶來的稅負肯定會影響公司的收入，這是毋庸置疑的，只是會計利潤少於稅法規定的應納稅所得額，導致未來所得稅費用增加。
實例分析:
某企業於2月份1994購入壹套設備，價值18萬元。稅法規定，設備使用年限為6年，經稅務機關批準，企業采用加速折舊。折舊年限為3年，從第4年開始不允許折舊。此外，該企業1995年至2000年所得稅前利潤總額為100萬元，所得稅稅率為33%。
企業在時間差上有問題。按照稅法規定，折舊額為每年30萬元(不含殘值)，而按照加速折舊，折舊額為每年60萬元，在時差上是每年30萬元。
根據應納稅額:1995-1997，年應納所得稅42.9萬元[(100+30)×33%]，年所得稅費用42.9萬元，年凈利潤57100元；1998至2000年，年應交所得稅231萬元[(100-30)×33%]，年所得稅費用231萬元，年凈利潤76.9萬元。
基於稅務影響的核算方法:1995 —1997，年應納所得稅42.9萬元，遞延稅9.9萬元，年所得稅費用33萬元，年凈利潤67萬元；1998至2000年，年應交所得稅231，000元，年所得稅費用33萬元，年凈利潤67萬元。
實例表明，不同的所得稅會計處理方法，計入當期所得稅費用的金額不同，直接影響當期凈利潤的金額。因此，在市場經濟條件下，企業財務人員應通過對生產經營活動和財務活動的合理規劃和安排，節約所得稅費用，以實現利潤最大化。同時，作為稅務人員，代表國家執法，要認真審核企業所得稅，掌握企業納稅調整的方法，防止不合理調整造成稅款流失。
在實踐中，處理時間性差異有兩種方法:遞延納稅法和負債法。主要區別在於遞延稅是否隨著國家稅率的變化而調整。所以也要註意企業應納的稅。
公司承擔的所得稅負擔如何改變收入？所得稅與產品的邊際成本無關，這決定了跨國所得稅機制通過其與利潤或收入的函數關系具有利益導向性，並對跨國公司的直接投資產生直接影響。因為跨國公司的所得稅與產品的邊際成本無關，至少在短期內不會引起商品價格的變動。在涉外稅收協調制度的制約下，跨國公司的所得稅負擔直接影響投資收益率的變化，進而影響納稅人經濟行為的變化。
3.國際稅收協調對收入變化的影響
國際稅收協調是指跨國公司的母國和東道國為了各自的利益，使跨國公司的稅收負擔適度，免除國際雙重征稅，懲罰國際逃稅和消除惡性稅收競爭，在承認各國稅收管轄權的條件下，通過平等協商和互利簽訂多邊或雙邊稅收協定，以確保母國和東道國的稅收利益公平，確保跨國公司的稅收負擔合理，投資收益穩定增長。國際稅收協調主要通過簽訂多邊和單邊稅收協定來實現。國際稅收協調機制主要包括以下幾個方面:壹是稅收管轄權的國際協調。由於經濟發達國家的外商直接投資較多，居民傾向於擁有稅收管轄權，而發展中國家主要是引進外商直接投資，傾向於實行地區管轄權。為了避免重復征稅，必須通過免稅、稅收優惠、稅收抵免等多種手段進行協調。二是轉讓定價的國際協調。由於各國稅制和稅負的差異，跨國公司往往利用其全球網絡的優勢，通過產品定價權轉移稅基，達到避稅的目的，損害東道國的利益，這就需要相關國家的共同協調來消除這壹問題。第三，稅收優惠的協調，包括兩個方面:壹是東道國應給予跨國公司全部或部分稅收優惠，以保證跨國公司有較高的收入，達到東道國稅收調節的目的；其次，為了吸引外資，許多國家競相降低稅負，展開稅收競爭，這對經濟和稅收都有負面作用。因此，各國進行國際協調以消除負面影響是非常必要的。四是稅收征管協調，包括交換稅收信息、建立稅收征管協作機制、跨國稅務稽查、派駐稅務人員等。