1.在“專項儲備物資”科目下設置“國儲棉”明細科目，核算企業代儲棉花的實際成本，並按棉花的批次和等級進行明細核算。
2.在“專項儲備基金”科目下設置“國家棉花儲備基金”明細賬戶，核算企業代表國家撥付的棉花儲備資金。
3.增設“252專項儲備貸款”科目，核算企業代國家儲備棉向中國農業發展銀行借入的款項。
4.增設“504轉出差價”科目，核算企業代國家儲備物資轉出的差價收入或支出。期末應將本科目余額轉入“本年利潤”科目，轉入後本科目應無余額。
5.在“其他應付款”科目設置“國家儲備棉價差收入”明細科目，核算企業應返還、上交或增加的國家儲備棉價差收入。
6 .在“其他應付款”科目、“應付國家儲備棉利息”明細科目，核算企業代國家儲備棉收到預撥專項儲備貸款的利息。
7.在“應收國家儲備補貼”科目下設置“應收國家儲備補貼”明細科目，核算代表國家儲備向企業收取的費用補貼。二、會計處理
1.企業收到國家撥付的棉花專項儲備基金，借記“銀行存款”科目，貸記“棉花專項儲備基金——國家棉花儲備基金”科目。按規定上交時，做相反分錄。
2.企業代表國家棉花儲備向中國農業發展銀行借款，借記“銀行存款”科目，貸記“專項儲備貸款”科目。歸還專項借款時，作相反分錄。
3.企業購進國家儲備棉，應按開發單及運雜費中支付的價款，借記“專門準備材料”科目，按已支付的增值稅，借記“應交稅金——應交增值稅(進項稅額)”科目，按實際支付或應付價款，貸記“銀行存款”、“應付賬款”科目。
4.企業離開國家儲備棉時，應按已實現的銷售收入和按規定收取的增值稅，借記“銀行存款”等科目，貸記“應交稅金——應交增值稅(銷項稅額)”科目，按已實現的銷售收入，借記“商品銷售收入”科目。結轉成本時，借記“銷售成本”科目，貸記“專項儲備物資——國儲棉”科目。國家儲備棉銷售應繳納的城市維護建設稅和教育費附加，借記“商品銷售稅及附加”科目，貸記“應交稅金——應交城市維護建設稅”、“其他應付款——應交教育費附加”科目。
企業從國家儲備棉轉出價差收入時，借記“轉出價差”科目，貸記“其他應付款——國家儲備棉價差收入”科目；中央支付的利息和費用歸還時，貸記“其他應付款——國家儲備棉花差價收入”科目，貸記“銀行存款”科目；按照規定，國家調撥棉花資金增加部分價差收入時，借記“其他應付款——國家棉花價差收入”科目，貸記“專項儲備資金——國家棉花儲備資金”科目。
企業收到國家專項用於棉花儲備轉化和儲備體系建設的資金，借記“銀行存款”科目，貸記“專項應付款”科目；待項目完成後撥款，屬於核銷部分，經批準後，核銷“專項應付款”科目，借記“專項應付款”科目，貸記有關科目；其余轉入“資本公積”賬戶，借記“應付賬款”賬戶，貸記“資本公積”賬戶。
企業在離開國家儲備棉倉庫時發生的差價費用，從棉國批準撥付的資金中扣除，借記“專項儲備基金——國家儲備棉花基金”科目，貸記“調撥差價”科目。
5.企業收到專項儲備貸款預撥利息時，借記“銀行存款”科目，貸記“其他應付款——應付國家棉花儲備利息”科目；支付利息時，借記“其他應付款——應付國家儲備棉利息”科目，貸記“銀行存款”科目。
6.企業為保管國家儲備棉花發生的相關費用，借記“營業費用”、“管理費用”等科目，貸記“銀行存款”等科目。
企業應當在月末按照規定的費用定額補貼標準計算應收定額補貼，借記“應收補貼——應收國家儲備棉補貼”科目，貸記“補貼收入”科目；收到補貼時，借記“銀行存款”科目，貸記“應收補貼——應收國家棉花儲備補貼”科目。
7.國家儲備棉因不可抗力遭受的損失，經批準從國家撥款中扣除的，扣除保險公司賠償後的余額，借記“專項儲備資金——國家儲備棉資金”科目，貸記“專項儲備物資——國家儲備棉”科目。
因管理不善造成國家儲備棉黴變變質造成的損失，按現行會計制度處理，國家撥付的資金不得減少；同時，企業應將發黴變質部分按同等級、同長度、同數量補充到國家棉花收儲庫存中，但企業不得調整賬面價值。