公司治理壹般指公司管理和激勵約束的方法。不同的組織和專家有不同的解釋。我們認為，商業銀行的公司治理結構是以股東利益最大化為目標，在投資者、董事會和高級管理層之間合理分配權責的制度安排，核心是解決公司控制權和剩余索取權問題。由於商業銀行的行業特性，其治理結構至少應包括以下三個方面:壹是由股東會、董事會和管理層組成的組織結構，二是基於這種組織結構的治理機制，三是要處理好商業銀行治理結構、治理機制和風險控制的關系。從國際銀行業的主流治理結構來看，由於資本市場發展、股權結構、控制權轉移、董事會作用、業績與收入相關性、信息披露程度等方面的差異，商業銀行主要有英美模式和日德模式兩種模式。從我國商業銀行的改革趨勢來看，正在向英美模式發展，即治理結構不斷優化。這種優化主要包括:保持商業銀行實施外部治理的競爭力；合理分配和行使商業銀行的控制權，使剩余索取權與控制權對稱；董事會和管理層權責明確，具有良好的評價和激勵約束機制；清晰的信息披露和分析機制。按照治理結構優化的方向，從目前我國商業銀行的實踐分析，商業銀行治理結構優化主要面臨以下障礙:
1.商業銀行預算軟約束導致的主體缺位，延緩了商業銀行治理結構的優化和完善。商業銀行治理結構的完善是微觀經濟主體的自覺行為，但受到宏觀經濟的影響。如果存在主體缺位的問題，就會制約整體治理結構的優化。我國商業銀行的發展呈現出明顯的軟預算特征，即當商業銀行資不抵債時，外部組織通過非市場手段給予商業銀行流動性支持，從而避免破產清算。由於軟預算的約束，我國商業銀行治理結構的優化出現了主體缺位的現象。根據目前我國商業銀行的類型，可以從三個層面進行分析:壹是國有商業銀行所有者缺位造成了優化治理結構的主體缺位。由於國有商業銀行的主導地位是虛擬的，其委托權必須由官僚組織授權並由其實施。事實上，名義上國有銀行的控制權高度集中在政府官員手中。在國有銀行剩余索取權屬於國家而非政府官員，導致政府官員與國家目標不壹致的情況下，政府官員自然缺乏改善治理結構的動力，治理結構優化主體缺位的問題就出現了。第二，地方政府與國家的博弈影響了地方商業銀行治理結構的優化。地方商業銀行(其實也應該包括城鄉信用社)主要由地方政府出資(地方財政股份約占城市商業銀行總股份的1/3)。當地方商業銀行資不抵債甚至出現流動性危機時，地方政府往往最終會接受央行解決問題，即把問題留給國家。因此，地方政府作為地方商業銀行的投資者，缺乏優化商業銀行治理結構的動力和壓力。再次，國有企業投資者在股份制商業銀行中的主體地位制約了其治理結構的優化。雖然股份制商業銀行引入了現代企業制度，對銀行經營者形成了產權約束，但由於國有企業股東往往在股份制商業銀行中占據主導地位，其治理結構的優化過程是有限的。民生銀行作為國內第壹家主要由非計量企業投資的全國性股份制商業銀行，擁有更加完善的治理結構和優異的業績。2003年，該行主營業務收入和凈利潤增速分別達到66.87%和60.2%。可見，國有企業產權設計上的缺陷已經影響到其所投資的商業銀行，阻礙了商業銀行治理結構的優化。
2.銀行業的高準入門檻限制了外資和民營資本的進入，無法從資本投入的源頭和外部人的力量推動商業銀行治理結構的優化。公司治理結構的完善是市場經濟發展到壹定階段的產物。其根本本質是解決投資者與管理層的委托代理關系問題，以合理的制度安排實現企業投資者利益最大化。行業開放程度決定了公司治理結構優化的進程。壹般來說，在行業開放的條件下，包括國際資本和民間資本在內的各種資本都可以自由進入銀行業。投資者為了保護自己的投資回報和應有權益，會關註公司治理結構，從而促進商業銀行公司治理結構的優化。如果商業銀行業績不佳或治理結構不完善，投資者不僅會通過更換董事會和管理層來執行投資意圖，還會面臨競爭對手的並購。因此，行業開放程度和競爭激烈程度將決定商業銀行治理結構的優化程度。然而，中國對銀行業的發展壹直采取謹慎的政策，尤其是在東南亞金融危機之後。為保證正常的金融秩序，防範系統性金融風險，國家關閉了海南發展銀行、廣東國際投資公司等地方金融機構，嚴格控制銀行業準入標準。雖然光大銀行、上海銀行、南京商業銀行等金融機構引入國際資本，促進了這些商業銀行治理結構的完善，但從整體上看，銀行業的開放程度尚未形成。因此，借助外部投資者和產業結構調整來改善商業銀行的治理結構是非常困難的。
3.從商業銀行面臨的外部環境來看，無論是市場壓力還是監管環境，都尚未對商業銀行優化治理結構構成強大壓力。壹方面，目前我國商業銀行仍處於壟斷競爭階段，國有商業銀行在市場競爭中處於絕對控制地位，新興的股份制商業銀行還不足以全面沖擊國有商業銀行，因此商業銀行經營的信用基礎仍是國家信用(由於國家實行了嚴格的金融保護，所有金融機構實際上都享有國家或類似國家信用)。在以國家信用為基礎的市場壟斷競爭條件下，治理結構的優化對提高商業銀行的市場競爭力沒有明顯作用，導致商業銀行專註於業務規模的擴張而不是治理結構的改善，商業銀行迫於市場壓力改革治理結構的動力嚴重不足。比如2003年國有商業銀行的市場份額比以前高，不良貸款率和余額明顯下降，治理結構沒有明顯改善。而公開上市、具有治理結構優勢的深發展(000001)市場表現不佳。
另壹方面，外部監管政策和指引並未有效引導和促進商業銀行優化治理結構。巴塞爾新資本協議將最低資本充足率、外部監管和市場約束(信息披露)作為風險管理的三大支柱，其中外部監管和市場約束與商業銀行的治理結構密切相關。可見，根據發達國家的發展經驗，通過外部監管和市場約束來引導商業銀行，可以將外部壓力轉化為改善內部治理的動力，從而促進商業銀行治理結構的優化。中國大力推動將治理結構問題作為改善商業銀行經營管理、增強競爭力的重要舉措，先後發布了《股份制商業銀行治理結構指引》、《股份制商業銀行獨立董事和外部監事制度指引》、《中國銀行和中國建設銀行公司治理改革與監管指引》等具體監管要求。 試圖以法律法規的形式通過外部監管的手段推動商業銀行改善治理結構，但在實際執行過程中效果難以保證。 比如中國銀行、中國建設銀行《公司治理改革與監管指引》中提出的具體收益率指標，可以看作是投資者(國家)對管理層的目標要求，但《指引》並沒有明確經營者實現目標的激勵措施，更沒有明確管理層未能實現目標應承擔的責任、如何承擔責任等約束手段。同時，對於中國工商銀行和中國農業銀行這兩家目前尚未進行股份制改革的國有商業銀行，其治理結構也沒有明確的指導意見和要求，這說明對於國有商業銀行而言，目前的治理改革仍處於預算軟約束階段。自《股份制商業銀行治理結構指引》頒布以來，我國股份制商業銀行的治理結構按照《指引》的要求不斷優化，但離規範的治理要求還有很大差距，我國112城市商業銀行和眾多農村信用社的治理結構改革尚未逐步推進。這意味著，在2007年之前國家致力於解決國有銀行治理結構存在的問題的背景下，通過外部監管來引導和促進商業銀行治理結構的完善仍然任重道遠。
4.基於商業銀行治理結構的治理機制仍處於探索階段，全面深化商業銀行治理結構改革的條件尚不成熟。治理結構的優化要求建立規範的股東會、董事會、監事會和管理層，形成權責明確、運轉有序、激勵有效、約束有力的組織架構。基於信息技術的管理運行機制決定了治理結構的作用程度。從治理結構相對完善的股份制商業銀行的運行機制來看，還存在壹些制約治理結構作用發揮的問題。比如，股東大會作為股份制商業銀行的最高權力機構，沒有很好地履行相應的職責。從近年來股份制商業銀行股東大會的召開情況來看，每次股東大會通常只有半天時間，平均議題有七八個，但每次會議前都沒有對相關議題進行詳細通知和披露，難以保證股東代表對所議事項進行充分討論，往往流於形式；董事會功能不健全，難以正常發揮作用。不僅董事會在人員和結構上存在壹些缺陷，而且缺乏專家型董事。而且董事會決定銀行經營方針、制定戰略決策、控制風險等核心職能沒有得到充分發揮。他們基本上是通過聽取行長的工作報告來考慮銀行的重大問題，並不直接做出決策，這與以董事會為決策核心的現代公司治理結構相去甚遠。監事會工作流於形式，以監事會為核心的監督機制沒有建立起來。從目前各銀行監事會的工作來看，主要是審核銀行的財務報表和會計師事務所的審計報告，遠遠達不到《各銀行監事會議事規則和指引》的要求，各銀行也尚未建立相應的制度來確保監事會能夠獲得足夠的信息，充分了解銀行的財務和風險狀況。股份制商業銀行內部決策以高級管理層為核心，決策與執行壹體化突出，缺乏對高級管理層的制度約束。股份制商業銀行的黨委和行長辦公會議(參加這兩個會議的成員基本壹致，壹般都是銀行高級管理層的成員)是銀行內部決策機制的核心。高級管理層既負責制定銀行總體發展戰略和年度發展計劃，又負責具體實施，使權力過度集中於高級管理層，決策與執行壹體化問題更加突出；激勵機制不夠科學有效，仍需進壹步完善。從股份制商業銀行董事、監事和高級管理人員的角度來看，所有銀行的股東大會壹般都沒有對董事、監事履職情況進行評價的標準和程序。董事會和監事會沒有對其成員的履職情況進行評價，並根據評價結果對其進行獎懲，難以對董事和監事進行激勵和約束。董事會沒有建立書面的、制度化的高級管理人員業績評價標準和程序，高級管理人員年度獎金的確定和分配主要依據任務完成情況(任務往往由高級管理人員自己確定)，缺乏系統的考核。
5.商業銀行外部治理條件不完全具備，影響了商業銀行治理結構的優化進程。商業銀行的外部治理主要通過競爭性產品市場、資本市場、銀行家市場和信息披露傳遞的銀行經營信息來完成。首先，我國公開上市的商業銀行總數少，資本市場無法對商業銀行的治理形成約束。商業銀行在資本市場上的股價反映了其經營業績和投資者的預期，管理者不良行為的後果直接反映在公司股價上。股東利用資本市場上的信息，尤其是商業銀行之間的業績比較，用腳投票來表達對公司的信任，從而對管理層形成約束。目前我國公開上市的銀行只有五家，占市場主導地位的國有商業銀行和其他商業銀行都沒有公開上市，投資者無法通過資本市場完成對商業銀行價值的評估，相應地，也無法通過資本市場的壓力促進商業銀行內部治理的優化。其次，由於直接融資市場發展滯後，對銀行競爭性產品的外部約束也很小。商業銀行沒有因為競爭產品的沖擊而提高內部治理的壓力。第三，銀行家市場尚未形成，不稱職或不稱職的銀行家很難被淘汰。目前，我國的銀行家市場尚未形成，無論是合格的董事還是銀行專業管理人才，都無法通過人才市場找到、挖掘和流動。特別是我國商業銀行大多有相應的行政級別，其管理人才的選拔任用與行政官員的選拔任用密切相關，不可能借助莊家市場的力量來推動商業銀行的治理改善。第四，債權人不關心銀行的績效，因此債權人約束不能影響商業銀行的治理。商業銀行公開信息披露的核心是將商業銀行的經營信息傳達給公眾，尤其是債權人(存款人)，以幫助債權人做出判斷。目前，中國嚴格的金融管制政策使得存款人幾乎沒有必要考慮商業銀行之間的經營差異，因此由信息披露決定的外部債權人治理目前是無效的。