證券公司客戶保證金可以用於股票交易。因為股票交易首先要有資金買入，所以資金也叫交易保證金。
挪用客戶保證金壹直是我國證券公司的“頑疾”。截至2006年8月，被處置的29家證券公司中，大部分都涉及挪用客戶存款，這使得公眾對證券公司的信任度降至低點。為切實保護投資者合法權益，系統防範券商挪用客戶保證金，有效防範系統風險，證監會組織探索了更為安全的客戶保證金管理制度——客戶保證金第三方存管制度，即客戶保證金由證券公司以外的第三方商業銀行或指定機構進行專項存管。證券公司不得將客戶的交易結算資金和證券歸入其自有財產。禁止任何單位和個人以任何形式挪用客戶的交易結算資金和證券。證券公司破產或者清算時，客戶的交易結算資金和證券不屬於其破產財產或者清算財產。除因客戶自身債務或者法律規定的其他情形外，不得查封、凍結、扣劃或者強制執行客戶的交易結算資金和證券。
2004年2月，中國證監會在處理南方證券時，首次試行客戶保證金第三方存管。新修訂的《證券法》第139條規定“證券公司客戶的交易結算資金應當存放在商業銀行，並以每個客戶的名義單獨開立賬戶”，以法律形式確定客戶保證金第三方存管。