1.發行規模不同:上交所、深交所私募債發行規模在1億元左右，天驕股交中心、重慶股權轉讓中心等區域性股權交易中心發行規模在1000萬元左右；
2.服務領域不同:根據證監會發布的《關於規範證券公司參與區域性股權交易市場的指導意見(試行)》，規定“區域性市場是為市場所在省級行政區域內的企業特別是中小企業提供股權、債券轉讓和融資服務的私募市場，受省級人民政府監管。原則上不允許跨地區設立營業分支機構，不允許接受跨地區公司上市。”因此，區域股權中心私募債的發行主體主要是當地中小企業。上交所、深交所服務全國中小企業；
3.承銷機構不同:上交所、深交所承銷機構均為通過證券業協會審核的合格證券公司；區域性股權交易中心的承銷商可以是註冊投資公司、擔保公司、銀行、私募基金，條件相對寬松；
4.合格投資者不同:深交所的合格投資者是機構投資者，上交所的合格投資者是機構和自然人。地區股權中心基本允許自然人投資私募債。
第二，私募債券的發行相對於公募有壹定的限制，私募面向的專業投資機構數量有限，如銀行、信托公司、保險公司、各類基金會等。壹般來說，發行市場所在國的證券監管部門並沒有規定私募的數量，但在日本，規定不得超過50家。這些專業投資機構壹般都有經驗豐富的專家，有能力對債券及其發行人進行充分的調查和研究，發行人和投資者也比較熟悉，所以不要求公開展示，也就是私募不采取公開制度。購買私募債券的目的壹般不是為了轉賣，而是作為金融資產保留。日本對私募債券的回售有壹定的規定，即發行後兩年內不能轉讓，即使轉讓也只會轉讓給同行業的投資者。