首先，聶樹斌案無罪判決是在全面依法治國的大背景下實現的。該案2005年出現在王書金，聶樹斌的母親張煥誌不斷申訴，到最高人民法院指定異地復查、審理、決定再審和終審。盡管困難重重，但它總是朝著正確的方向前進。冤假錯案嚴重侵害公民合法權益，嚴重損害司法公正，嚴重影響法律尊嚴。2013年7月，中央政法委印發《關於切實防止冤假錯案的指導意見》。2014，10中央發布《中央關於全面推進依法治國若幹重大問題的決定》，強調“健全有效預防和及時糾正冤假錯案機制”，要求完善再審制度，解決再審啟動難、改判難等問題。沒有這些重要精神，沒有刑事訴訟制度的不斷完善，聶樹斌案的改判是不可能的。本案是全面依法治國進程中刑事司法制度走向文明的壹個代表性案例。
其次，聶樹斌再審無罪，顯示了中國最高司法機關重建司法公信力、糾正冤假錯案的堅定決心和敢於正視錯案的精神。最高人民法院和負責復查的案件承辦人山東省高級人民法院多次表示，聶樹斌案的復查和再審要經得起事實和歷史的檢驗。正義可能會遲到，但絕不會缺席。改判體現了審慎的司法理念。聶樹斌雖然不能復活，但今天的減刑，是對其家人多年不懈努力的壹種慰藉。
再次，聶樹斌案再次對“疑罪從無”的刑事訴訟原則給予了有力的背書。據統計，黨的十八大以來，糾正重大冤假錯案近30起，許多案件按照“疑罪從無”原則得到改判。“疑罪從無”是人權保障理念的內在要求，是程序法治原則的重要體現，是遵循司法規律的必然要求，是防止冤假錯案的唯壹選擇。聶樹斌案耗時長，證據丟失多，查明事實和證據極其困難。在案件審查過程中有許多不同的意見和觀點。從已公布的現有證據來看，既不能證明王書金是真兇，也不能否定公安機關認定聶樹斌有犯罪嫌疑的證據。最高人民法院堅持“不容置疑”，改判無罪，為以後的司法活動提供了指引和標桿。
第四，聶樹斌復核改判體現了最高人民法院中立審判、獨立行使審判權的堅定立場。現代刑事司法制度以審判為中心，人民法院堅持司法中立，樹立司法權威。聶樹斌案長期受到社會、媒體和法律學界的關註，輿情復雜多變。不管輿論如何，審判活動的核心永遠是證據和事實。最高人民法院在指定異地復查、再審過程中嚴謹審慎，堅持證據裁判，對案件保持超然客觀的態度，堅持以事實為根據，以法律為準繩，公正、公平、集中裁判。
二是聶樹斌案改判過程中旨在保障程序公正的各項制度探索，為公正司法提供了有益經驗。
首先，最高人民法院直接提審是使案件走向公平正義的重要程序推動力。提審作為人民法院審判監督的壹種方式，是法律明確規定的。但實際操作中，最高人民法院二審審理過的刑事案件只有少數，可見他對提審案件的謹慎。最高人民法院直接提審本案，是本案走向公平正義的重大程序性推進，也是對民意和社會關切的有效回應。
其次，最高人民法院指定異地復查案件，有效避免了自糾和久拖不決。因為聶樹斌案在河北省壹審二審，被告家屬申訴多年無果。最高人民法院指定山東省高級人民法院復查，這在我國刑事訴訟史上非常罕見。聶樹斌案異地復查，最大程度保證了復查的公正性和公信力。聶樹斌案開創了異地存疑案件再審的先河，指明了糾正冤假錯案的示範路徑。
再次，審查再審環節充分保障了當事人的參與權、閱卷權和公眾的知情權，舉行聽證會等有益形式，為處理社會影響廣泛的重大案件提供了很好的借鑒。在案件審查過程中，山東省高級人民法院充分保障了代理律師的閱卷權，確保其能夠完整復印、拍照聶樹斌案及與之密切相關的王書金案卷宗。對聶樹斌復審舉行聽證會，也是壹種有益的制度創新。專家學者、全國人大代表、CPPCC委員、人民法院監督員、婦女代表、基層代表應邀參加聽證會。檢察院派員監督，法院官方微博圖文直播，聽證人員填寫匿名意見表，都體現了辦理重大復雜疑難案件的法治思維和精神。要以人民看得見的方式實現公平正義，“讓人民群眾在每壹個司法案件中都感受到公平正義。”
第三，總結聶樹斌無罪案的沈重教訓，完善刑事冤假錯案預防和糾正制度。
刑事錯案、誤判的後果極其嚴重，不僅會對被錯判者及其家屬造成嚴重傷害，還會對司法公信力乃至國家形象造成嚴重傷害。尤其是在對錯殺的情況下，代價是無法彌補的。聶樹斌無罪案再次警示嚴格規範司法的重要性。
首先，要堅持從司法規律上落實刑事訴訟制度，消除冤假錯案發生的土壤。
聶樹斌案的出現是因為90年代科技力量不足，水平有限，執法規範化建設不足。但是，任何時期發生任何錯案，也是悲劇。查辦案件過程中不當、錯誤的執法思路和方法，值得再次反思。比如，原審判決對聶樹斌的定罪，主要依據的是聶樹斌本人的供述，突出了以供述為中心的辦案方式和“以筆錄為中心”的證據審查模式。以2012年我國刑事訴訟法的修訂和“兩個證據規定”的頒布為標誌，我國刑事訴訟制度確立了保障人權、疑罪從無、證據裁判、嚴格掌握死刑案件證據標準等原則和制度。但是，在當前的司法實踐中，仍然存在著過分重視口供、有罪推定，甚至刑訊逼供或變相刑訊逼供等不當觀念和行為。應進壹步加強制度建設，不再制定可能導致司法不公、違反司法規律的不合理考核指標，防止因辦案急功近利造成冤假錯案。
其次，以聶樹斌案平反為契機，完善刑事案件糾錯機制，完善審判監督程序和證明標準制度。
聶樹斌案雖然平反了，但是需要註意的是，這個案件平反的原因是偶然的。直到“真兇”或“真兇嫌疑人”王書金被抓獲歸案，進入輿論視野，才成為備受關註的案件。無論是這起案件“真兇落網”，還是其他案件“死人復活”，都是小概率事件。但是，刑事錯案的糾正不能靠“偶然”。需要明確推翻生效有罪判決的證據標準。從“糾錯”到“解惑”。“只糾錯”是目前我國再審程序中的基本觀點，對再審的啟動條件有極高的要求。而“疑罪從無”對再審啟動條件的要求明顯降低。聶樹斌案多年來壹直是個“謎”。控辯雙方在審查和審理階段的分歧主要是證據的證明標準。應該明確“毫無疑問”的“懷疑”需要證明到什麽程度，才能被視為無罪。為了確保有錯必糾，應當充分保障被告人及其辯護人的訴訟權利。查閱聶樹斌案的完整卷宗，壹直是困擾本案律師的最大難題。當事人和辯護人依法享有的閱卷權等程序性權利應當得到充分保障。對於重大的、社會影響大的案件，聽證程序要進壹步規範化、常態化，保障公眾的知情權。
再次，要正視和正確認識冤假錯案的存在，尤其是沒有涉嫌犯罪的案件。要“權責統壹”，明確錯案責任，完善司法責任制。
“刑事司法的最高境界是沒有不公正”。但無論過去還是現在，完全避免冤案幾乎是不可能的。比如美國，根據密歇根大學法學院的統計，在1989和20188之間，至少有1188個已經被定罪的人因為新的證據而被無罪釋放，每年大約有60-80個犯人被無罪釋放，但這只是冰山壹角。對於保留死刑的中國和美國，存在過失殺人的可能。謀殺、強奸等特定犯罪在冤案中占相當大的比例。對於冤假錯案，問責程序是督促和預防冤假錯案的制度保障。同時，“權責統壹”是現代法治的重要標誌。其基本要求是有權必有責、用權受監督、失職必問責、違法必究。冤假錯案責任追究要公開透明，積極回應社會關切。對冤假錯案的責任追究也要以事實為依據，以法律為準繩，明確責任。