因為官方旗艦店是這個品牌的官方店鋪，而京東自營是代理店鋪。
商家會把產品提供給京東自營，供貨價不高，等於把零售利潤出讓了壹部分給京東。換來的是流量大，可以上京東的各種活動，銷量當然也很大。也就是說商家通過供貨給京東自營，損失了壹部分利潤，換來了產品的高曝光率和銷量。
官方旗艦店和自營的官方旗艦不是同壹家店，區別如下：
1、認證同
官方旗艦店是指制造商正式批準的旗艦店；自營旗艦店是指生產企業自行經營的旗艦店。
2、銷售方式不同
官方旗艦店是品牌的店，象征著品牌；自營旗艦店是銷售平臺的供應商。
3、銷售主體不同
京東自營是京東為銷售主體，商品和物流都屬於京東直接管，就是B2B（廠家賣給京東）—B2C（京東再賣給消費者）。
官方旗艦店銷售主體為廠家，兩者都有保障，區別在於京東自營是京東全國各地分倉，由京東物流配送，官方旗艦店可能是自行選擇快遞公司配送，時效不如自營快。品牌方（或者被授權方）開的旗艦店就是B2C（由廠家賣給消費者）。
擴展資料：
旗艦店是自有商標，賣的產品都是自己的，有主動性。
專營店專賣店是授權的商標，要交授權品牌的費用給品牌方，而且如果品牌方不給授權了店鋪只能找其他品牌授權，找不到店鋪就只能關了，並且如果店鋪不給貼牌就只能從品牌方拿產品，相當於打工的，很被動的。所有說旗艦店帶商標的價位都是高於專營店和專賣店的。