出廠合格證可以作為標書評分標準嗎？

是的，這是法律的漏洞，指定任何專利都不違法。很明顯，招標人意向的廠商獲得了專利，比其他廠商有優勢，加分較多，作為評分項是可以的。財政部令第87號:第十七條采購人、采購代理機構不得將投標人的註冊資本、總資產、營業收入、從業人員、利潤、納稅等規模條件作為資格要求或者評審因素，不得將進口貨物以外的生產廠商的授權、承諾、認證、背書作為資格要求，對投標人實行差別待遇或者歧視待遇。