研究所面向國家需求，圍繞日本血吸蟲病等重要人、畜***患病與嚴重危害畜牧業生產的畜禽疫病的防治研究等領域開展前瞻性、關鍵性的應用新技術和基礎理論研究，承擔總理專項基金、‘973’前期項目、國家‘863’計劃、國家自然科學基金重點項目等國家、部門、地方的重大科技任務，同時還承擔了10余項世界衛生組織、歐盟等國際合作項目，組織相關項目的協作攻關，開展國內外學術交流和合作。培訓基層技術人員，加強科技成果的推廣和轉化。編著出版專業著作和學術期刊。1981年被國務院學位委員會批準為首批碩士學位培養點，1984年被批準為博士學位培養點，1999年建立博士後流動站，為國家培養高級農業科技專業人才。建所以來獲各項科研成果45項，其中“農業血防綜合治理新技術”獲寄生蟲領域第壹個國家科技進步二等獎；研制成功國家壹類新獸藥“鹽酸錐雙凈”、二類新獸藥“地克珠利”（獲國家科技進步三等獎）和國內第壹個獲新獸藥證書的球蟲病免疫預防苗(DLV疫苗)。壹批先進實用的畜禽寄生蟲病防治新技術和新產品，在現場推廣應用後，產生了重大的經濟和社會效益。申報國家發明專利15項，獲得國家新獸藥證書7項，出版專著32部，發表論文800余篇。在家畜血吸蟲病、雞球蟲病等
重要寄生蟲病的流行病學、診斷、治療、免疫學與免疫預防及綜合防治研究，動物寄生蟲蟲種資源的收集、整理、保存及***享平臺建設，動物疫病病原分子生物學、功能基因組學與蛋白質組學，新獸藥的研究，獸藥新制劑及給藥技術、藥物評價、藥物分析及獸藥殘留檢測等研究方面都做出了較大的成績。連續三屆被衛生部、農業部、水利部授予全國血防先進集體稱號。被評為上海市和中國農科院文明單位。對推動我國寄生蟲學與寄生蟲病學科學進步，為控制我國寄生蟲病的危害，保障人、畜健康、促進畜牧業和農村、農業經濟發展和農民收入的提高作出了積極貢獻。
2002年3月22日，中國農業科學院向上海市人民政府提議***建國家級動物醫學研究中心，得到上海市人民政府的高度重視，積極響應我院的提議，並全力支持。動物醫學研究中心以上海家畜寄生蟲病研究所為主體，通過向國內外招聘相關領域高級人才組建，並充分利用上海在生命科學研究領域及人才、經濟、信息等突出優勢，努力建成國家級動物醫學科技創新中心、動物醫學產業中心和國際動物醫學科技交流中心。
中心項目計劃建設總建築面積15860平方米，總投資8450.33萬元。中心經過三年多的前期籌備工作，已取得了實質性進展：落實了項目建設用地（上海交通大學閔行校區附近）和建設資金，2006年初有望動工建設。2007年建成並投入使用。該中心由八個科研創新機構和兩個管理機構組成。其中科研創新機構包括國家防治動物血吸蟲病專業實驗室、農業部動物寄生蟲學重點開放實驗室、動物生物技術研究室、動物傳染病防制研究室、動物藥學研究室、畜產品安全研究室、科技信息情報研究室、研究基礎條件部；管理機構包括科研管理處、綜合辦公室。
中心的主要方向任務是根據國家戰略需求和追蹤國際科技前沿需要，承擔國家動物疫病防疫中的全局性、基礎性、關鍵性、方向性的重大科技任務，解決與其相關的重大科技問題，帶動和推進全國動物疫病防制理論和技術的科學發展與技術進步。其重點研究領域是圍繞我國的重要人畜***患疫病和嚴重危害畜牧業生產的重大動物疫病，特別是在南方流行的重要疫病，如日本血吸蟲病等重要的熱帶病、水禽病、寵物病等，開展病原學、流行病學、免疫學、診斷檢測與綜合防治技術、基因工程、蛋白質工程、動物藥學、生物信息學等的基礎理論研究、應用基礎研究、應用技術研究，為有效控制我國動物疫病的發生和防止國外動物疫病的進入提供先進的技術和產品，建立我國重大動物疫病的防制理論體系。同時，針對我國動物重大疫病的防疫需求，開發、轉化先進、實用的產品與技術，以交鑰匙工程不斷向企業提供高附加值的產品與技術，促進我國動物醫藥行業的科技進步。
附：5個主要學科介紹
（1）動物寄生蟲學與寄生蟲病防治研究
建設思路：針對我國畜牧業迅速發展，畜、禽飼養方式發生較大改變和在新的社會經濟、環境條件下，畜、禽寄生蟲病流行、危害及防治面臨的新情況、新問題，加強新時期人畜***患寄生蟲病和重要畜、禽寄生蟲病的流行病學、診斷、治療、免疫、綜合防治、寄生蟲病原分子生物學、抗藥性機理、我國畜、禽寄生蟲蟲種資源的收集整理和保存、外來寄生蟲病監測等研究和技術平臺建設，為我國畜、禽寄生蟲病的控制、畜牧業發展、人類健康、農民增收、農村經濟發展提供新技術、新產品。
主要研究方向：新時期動物寄生蟲病的流行病學和綜合控制技術研究；寄生蟲功能基因組學與蛋白質組學研究；動物寄生蟲病原和媒介生物學研究；動物寄生蟲蟲種資源收集、整理、保存和***享平臺建設；動物寄生蟲的致病機理與免疫學研究；動物寄生蟲病的診斷監測與免疫預防新技術研究；動物寄生蟲病與人類健康、環境衛生和社會經濟發展關系的研究；新發和外來動物寄生蟲病的診斷和控制技術研究。
（2）動物藥學
建設思路：研究開發高效、低殘、安全的抗菌、抗寄生蟲藥物。在化學藥物的合成，天然藥物有效成（組）分的提取、分離、鑒定；獸藥新制劑和給藥方法的研究；新藥與藥物新制劑的藥效學、藥理學、毒理學、藥代動力學、藥物殘留研究等領域積極開展工作。根據我國獸藥研究與開發的實際情況以及新獸藥研究與開發的特點，采用知識創新和技術創新相結合的方式建立起有我國自身特點的獸藥學科創新體系。吸收、消化、改造、利用國內外新技術，研究開發具有自主知識產權的創新產品和有市場前景的特色產品。
主要研究方向：化學藥物的合成；天然藥物有效成（組）分的提取、分離、鑒定與合成；新抗生素的篩選及半合成；獸藥新制劑和給藥方法的研究；新藥與藥物新制劑的藥效學、藥理學、毒理學、藥代動力學、藥物殘留研究；環境友好”藥物的開發研究。
（3）動物生物技術
建設思路：跟蹤生物技術國際發展前沿，重點開展動物疫病病原分子生物學、細胞工程、免疫學，動物生物反應器，人類重大疾病的治療、預防藥物、保健品及診斷試劑盒等醫藥生物技術產品的研究。
主要研究方向：動物疫病病原的分子生物學、基因工程、細胞工程的研究；動物功能新開發利用的分子生物學；動物生物反應器、醫藥生物技術產品的研究；生物制品安全性評價。
（4）動物傳染病防治研究
建設思路：以在我國流行的重要人、畜***患傳染病和危害嚴重的動物傳染病防治研究作為重點，充分利用上海在生命科學研究領域裏的優勢和已建立的生命科學研究的技術平臺，開展重大動物疫病病原分子生物學、分子檢測技術和基因工程疫苗等研究。開展熱帶病、水禽病、寵物和實驗動物疾病的檢測防治研究工作。
主要研究方向：動物傳染病病原分子生物學、基因結構與功能研究；動物疫病防治新技術研究；熱帶病、水禽病、寵物和實驗動物疾病的檢測與防治技術研究；動物傳染病與人類健康的關系研究等。
（5）獸醫公***衛生
學科建設思路：應用生物技術和現代儀器分析手段，開展肉、蛋、奶等動物源性食品的安全監測技術研究，以建立快速、高效的檢測手段和檢測方法，確保食品安全，保障人類健康。運用《產品質量法》、《飼料衛生標準》等法則，開展飼料品質的快速監控。
主要研究方向：動物源性食品獸藥、農藥、添加劑殘留檢測技術和方法的研究；動物源性食品中病原微生物及其它有害物質汙染檢測技術研究；快速檢測試劑盒研究；畜產品安全與飼料衛生的評價、分析研究。