作為中國第壹個擁有環境工程碩士學位授予權的單位，北京環境科學研究院歷年來培養了100多名研究生。
北京市環境科學研究院下設水與生態環境研究所、大氣汙染防治研究所、固體廢物汙染防治研究所、環境政策與規劃標準研究所、環境工程設計院、環境技術咨詢研究所、北京環境工程設計院。
以北京市環境科學研究院為依托的工程中心有:國家城市環境汙染控制工程技術研究中心(科技部)、國家環保工業廢水汙染控制工程技術中心(北京)(環境部)、北京水環境技術與裝備研究中心(北京市科委)。
北京環境工程設計院，隸屬於北京市環境科學研究院，具有市政排水工程甲級設計資質、水汙染防治工程甲級設計資質、固體廢物處理與處置工程乙級設計資質。北京市環科院還擁有國家環境影響評價工程咨詢甲級資質證書、環境汙染治理設施運營(生活汙水、工業廢水)甲級資質、國家發改委頒發的工程咨詢甲級資質證書。
經過在環保戰線50多年的發展建設，北京市環境科學研究院在技術研究、法規制定、汙染治理工程設計、生態工程建設、環境影響評價、區域規劃、產品開發等方面取得了豐碩的成果。其中獲得國家科技獎近30項，省(部)科技獎130項，國家重點環保實用技術和專利40余項，多次獲得北京市科研院所“改革與發展”評比壹、二等獎。
多年來，北京市環境科學研究院完成了大量科研項目，開發了多種實用技術。同時承擔了壹大批改善首都環境質量的重大急需研究項目，為國家和北京市政府的環境決策提供了重要的技術支持和服務。截至目前，北京市環境科學研究院已完成各類環境科學技術研究項目800余項。在近30個省(市)和自治區(包括香港)，完成了1400多個治理項目和3000多個環境影響評價。