50年來，學院獲得國家二等獎(學院獨立主持)以上獎勵12項，省部級壹等獎以上獎勵49項，累計育成各類動植物新品種*多個，獲得新獸藥證書9個，取得國家發明專利*項。
50年來，學院將科技創新成果不斷的應用於農業生產實際當中，為農村經濟的發展提供全方位的科技服務。蔬菜研究中心選育的47個大（小）白菜新品種在全國28個省市得到推廣應用；培育的京欣、京玉系列西甜瓜品種成為了北京市場的主栽品種，累計推廣面積達56萬畝，為農民增收2億多元；經過50年幾代林果專家的不懈努力，培育出的桃新品種達40個，為平谷大桃產業化發展與升級奠定了堅實的基礎；學院大力開展的以精準農業、智能化溫室設備、農業專家系統為代表的現代農業信息技術達到世界先進水平，其成果不但在全國得到了大範圍推廣應用，而且推廣到東南亞等地；研發的以生物防治技術、有機農業生產技術、新型肥料、循環農業技術為代表的都市型現代農業生產技術在京郊及周邊得到廣泛推廣；研發的農民遠程教育培訓系統在全國建立遠程教育站點628，其中北京市436個，實現了京郊遠程教育鄉鄉通，並開始進村入戶，有力地提高了農民的科技文化素養。開放辦院，加強與外界的交流與合作，使學院的科技創新與服務水平進壹步提升。通過與區縣建立全面科技合作，促進了大興西甜瓜、平谷大桃、房山食用菌、密雲板栗等區域產業的發展與升級，為當地農民增收、農業增效、農村可持續發展提供了有力的科技支撐。全院有200多名專家長期在京郊近400個基地進行科學試驗和成果的示範推廣，不斷把新成果、新技術、新產品、新工藝送到農民手中，有力地促進了農業科技成果的轉化步伐。
回顧走過的50年風風雨雨，正是“團結奮進、求實創新”的農科精神壹直伴隨著持續不斷的走向新的輝煌征程；展望未來，學院將以“十七大”的勝利召開和院五十周年院慶為發展契機，堅持“開放有序、運轉高效、創新突出、支撐有力”的辦院方針，把解決都市型現代農業和新農村建設發展中的關鍵技術問題作為主要任務，提高科技創新能力、科技成果轉化能力和科技支撐能力，努力把北京市農林科學院建設成為全國壹流的農業科研院所。