發酵工程學科是湖北省首批重點學科，通過國內專家驗收評估，被認為處於華中地區領先地位。學院還擁有5個省部級R&D平臺:教育部發酵工程重點實驗室、湖北省工業微生物重點實驗室、湖北省食品發酵工程技術研究中心、湖北省食品與微生物中小企業R&D及促進中心、湖北省發酵工程工程實驗室。
目前已與北伊利諾伊大學、威爾斯大學、香港大學、中國科學院武漢病毒研究所、華中科技大學、武漢大學、華中農業大學聯合培養博士生。學院壹直以團隊建設為主導學科建設，現已形成穩定的生物質能源、微生物水膠體、傳統發酵產品現代轉化、發酵過程代謝調控、現代農業加工技術、藥物制劑等研究團隊。
生物工程學院擁有7000㎡的教學科研樓，設有生物能源研究所、湖北工業大學菲利普斯親水膠體研究中心、生物工程研究所和藥物與制劑研究所，配備進口高端分析儀器和生物反應器，總價值3500多萬元。學院與廣濟藥業、安琪酵母、枝江酒業、稻花香酒業、白雲邊酒業、山東濰坊聖泰藥業、河南金丹* * *幾家企業共建教學科研和學生就業基地。
生物工程學院根據現有學科特點和發展需要，確定了“調整、發展、突破”的發展思路，重點發展發酵工程、食品科學和制藥工程三個領域。生物工程學院科研實力雄厚。2008年以來，承擔國家級項目12項，省級項目65項，獲得發明專利16項，在三大檢索中收錄論文90余篇，8項科研項目獲湖北省科技進步獎。
在各級主管部門和專家的支持下，經過多年的建設和發展，生物工程學院呈現出良好的發展態勢，核心競爭力不斷增強。