在工程技術挑戰面前，采取有效措施：壹是在工程建設之初制定科技工作計劃，開展重大關鍵技術研究，率先啟動丹江口大壩加高、pccp管道制造和安裝、東線大流量水泵的設計和制作等方面的科技研究。二是積極暢通科技創新渠道，落實有關經費，並將科技創新和工程建設緊密結合起來。如，中線利用工程建設費用在南陽、新鄉開展膨脹土（巖）試驗，為工程設計提供科學數據，提出膨脹土處理有關措施。中線穿黃工程進行了1：1模型試驗，取得大量設計及施工參數，解決設計方案及施工工藝優化比選問題。三是利用市場配置各種資源，為工程技術創新提供支持。很多科研題目和國家科技規劃結合起來，與科技部***同設立南水北調重大課題研究項目，列入國家“十壹五”科技規劃。與清華大學、武漢大學、河海大學簽訂科技協議；利用社會資源組建技術委員會；與中國水科院和中國工程院建立緊密聯系。很多課題是通過社會配置資源相互合作來推動的。如，中線水源地黃姜生產工藝研究，請武漢大學、武漢地質大學、清華大學、北京大學等院校，從幾個不同的技術路線出發，解決黃姜生產中汙染的問題，已經取得階段性成果。四是建立科技交流和成果***享機制。把科技成果作為壹種公***資源，由成果形成的單位和有關試用單位***享，廣泛應用到工程當中去，保證成果的高效性。五是采用引進、吸收、再創新的方式，積極開展國際科技交流。提高國產渠道襯砌機生產水平和工作效率，設備價格比進口降低80%，自重降低三分之二，不僅滿足國內需求，還出口到巴基斯坦、馬來西亞等國外市場。