學校現占地1058畝，校舍面積38.1萬平方米，固定資產4.1億元。教學醫療設備總價值1.38億元,其中教學設備2300臺(套),總價值4577萬元。圖書館藏書60.9萬冊，中外文期刊1300余種，創辦的《國醫論壇》雜誌面向國內外公開發行，是研究仲景學說和中醫基礎理論的中心論壇。建有全國壹流的中藥標本館、藥用植物園、飲片加工廠、圖騰圖書集成管理系統和中文生物醫學數據庫鏡像站點。學校設有千兆校園網、電子閱覽室和手術直播示教系統。成立了綜合實驗中心，內設機能、形態、基礎、臨床等醫學綜合實驗室7個和1個現代教育技術中心。
學校設有黨委辦公室、組織部、宣傳部、離退休職工工作處、紀委、工會、團委等6個群團組織；校長辦公室、人事處、教務處、學生處、實驗設備處、計財處、基建處、總務處、保衛處、對外交流合作處、科研處、招生辦、審計處等13個行政機構；臨床醫學、中醫系、針灸骨傷系、護理系、醫學技術系、衛生管理系、繼續教育學院、政治理論教學部、基礎醫學部、公***教學部、體育教學部、中專部等13個教學部系。學校開設臨床醫學、中醫醫療、中西醫結合、中藥、中醫骨傷、針灸推拿、護理、醫學影像、藥學、眼視光技術等普通專科專業和五年制、對口升學等升段專科。過渡期內保留中專部，開設醫、藥、護、技等23個專業。大中專在校生總數達1.8萬名，其中2006年***招收各類學生6018名，外國留學生49名。
學校***有教職工1817人，專、兼職教師668人，其中教授11人，特聘兼職教授20人，副教授及其他高級職稱178人，中級職稱268人，教師隊伍中碩士生60人，在讀博士2人，在讀研究生42人。有17人擔任相關學科教研會會長、秘書長，22人擔任中華醫學會省、市專業分會理事長、理事職務，46人被授予省、市拔尖人才和學術技術帶頭人稱號。
近三年來廣大教師在CN期刊上發表論文835篇；主持中標立項國家級科研項目二項；獲國家專利14項，省、市級科研成果284項；編寫學術著作135部，其中主編或參編國家級、省級統編教材35部。
學校建有三所附屬醫院，床位1050張。壹附院內設2個市屬研究所、6個治療中心和8個重點專科，其中心臟外科屬省重點專科。擁有大型先進醫療設備520臺件，總價值1億元。可獨立開展心臟冠狀動脈搭橋、骨髓移植、腎移植、人工晶體植入、介入治療、射頻消融等高難醫療項目，為全國首批“二甲醫院”、“全國百姓放心示範醫院”和“全省愛嬰醫院”。二附院是以托老康復為特色的專科醫院。三附院是壹所以中醫為主，中西醫結合為特色的省二級中醫院，內設2個研究所，1個治療中心和4個重點專科。三所附屬醫院承擔著全部的臨床教學任務，並為學生實習、見習提供保證。
堅持開放辦學，加強對外合作。在全國15個省市建立人才就業聯絡點，並與澳大利亞IBT教育集團簽訂了聯合辦學意向，與英國Bell學院合作辦學，舉辦2+1、2+2本科、碩士學歷班。與韓國愈村集團中醫藥研究院、韓國建和藥品株式會社、中韓傳統醫學職業技術學院、新西蘭東方醫科大學簽訂了聯合辦學意向，舉辦中醫學海外班和招收中醫留學生班。開辟涉外護理專業學生國外就業途徑。畢業生年就業率在85—92%左右。建校以來***為國家輸送大中專畢業生3萬余人，為南陽經濟社會發展做出了貢獻。