錢永健發明的染料分子可以更好的追蹤細胞內的鈣水平，對檢測方面很有作用。所以對中國的化學研究做出了巨大的貢獻。
錢永健在英國劍橋大學讀研究生時，發明出壹種更好的染料，可追蹤細胞內的鈣水平。鈣在多種生理反應中扮演關鍵角色，包括神經沖動調節、肌肉收縮、受精作用等。不過，計量細胞內鈣水平的方法當時還相當原始，需要穿透細胞壁註射鈣結合蛋白，這種方法通常會毀壞研究細胞。
後來錢永健又發明了檢測鈣離子濃度的染料分子，1981年改進將染料引入細胞的方法，以後發明更多、更好的染料，被廣泛應用。檢測鈣的方法有三種:選擇性電極、水母素、鈣染料。
在錢永健的鈣染料沒有出現以前，具有空間檢測能力的只有水母素，但當時水母素需要註射到細胞內，應用不方便，而錢永健的染料可以通透到細胞裏面去。水母素和鈣染料各有優缺點，目前用染料的人多
錢永健後來又開始研究GFP，改進GFP的發光強度，發光顏色(發明變種，多種不同顏色)，發明更多應用方法，闡明發光原理。世界上應用的FP，多半是他發明的變種。他的專利有很多人用，有公司銷售。
在1962年下村修和約翰森在那篇純化水母素的文章中，有個註腳，說還發現了另壹種蛋白，它在陽光下呈綠色、鎢絲照射下呈黃色、紫外光下發強烈綠色。其後他們仔細研究了其發光特性。
所以錢永健的發明對化學研究領域做出了巨大的貢獻，也希望將來會有更多的人投入到科學研究中，使我們的祖國更加強大。