新中國成立以來，醫院取得了許多臨床醫學成果，填補了中醫的許多空白，如二尖瓣狹窄的分離，使心臟手術從心臟外進入禁區；低溫麻醉下心臟直視手術是我國心臟直視手術的開端。低溫麻醉下直視下房間隔缺損修補術使低溫心內直視手術達到了壹個新的水平。針刺麻醉下體外循環心內直視手術的成功是我國醫學上的壹項創舉。蔣教授因其在消化系統疾病和血吸蟲病領域的傑出成就，被授予中國工程院院士稱號。此外，首次成功的經皮腎靜脈吻合術、門腔靜脈吻合與分流術、晚期血吸蟲病的外科治療、脾血回輸新技術在國內都具有相當高的水平。
20世紀90年代以來，在上海市人民政府、市衛生局和浦東新區政府的決策和社會各界的大力支持下，醫院的發展借助浦東全面開發開放實現了歷史性跨越。1999 10，仁濟東方醫院建成投入使用，擺脫了長期困擾醫院發展的地域限制，醫院面積由原來的14畝擴大到145畝。床位從800張增加到1300張。目前，東方已進入三期建設的快速發展期:2007年底，幹部保健綜合樓封頂。建築面積5.85萬平方米的門急診醫技樓日前獲得上海市發改委正式批復。
醫院在學科建設和人才培養方面取得了顯著成績，多個學科在國內獲得了較高知名度。目前，醫院設有33個臨床科室和8個臨床醫學科，有1教育部重點學科、衛生部重點實驗室(消化內科)、1教育部重點學科(內科)；教育部重點學科培養單位1個(神經外科)；“211工程”(消化內科、風濕科、外科)重點學科(專科)3個；上海市重點學科2個(消化疾病和風濕病學)；上海市教委重點學科2個(風濕病學、婦產科)；上海臨床醫學中心2個(消化系統疾病和風濕性疾病)；上海3個醫療質量控制中心(血液透析、消化科、激光)；3個市級研究所(消化疾病、風濕疾病、男科疾病)；上海唯壹的人類精子庫，上海市產科心臟病監測中心，上海市危重孕產婦會診搶救中心。目前我院有5名國家副主席；上海主任4人，副主任10；國家級期刊主編1人，副主編9人；地方期刊有主編4人，副主編20人。
近五年來，醫院申報局級以上(含局級)科研項目296余項，申請專利72項，在國內醫療機構中名列前茅。在國際交流方面，醫院與美國、法國、日本等近十個國家的二十余所醫學院建立了學術交流和友好合作關系。每年接待來訪和講學的外賓1000多人次，派出100多人次出國學習、講學和科研合作。醫院還在人才培養上投入巨資，試圖將優秀的中青年骨幹推薦到各級培養計劃中。五年來，仁濟醫院* * *有160余人入圍上海市各級人才培養計劃，包括長江特聘教授、上海市領軍人才、科委晨星、科委晨星女王、教委曙光計劃、市教委優秀青年、交大醫學院優秀青年、交大醫學院百人計劃等
仁濟臨床醫學院有18個教研室承擔臨床教學任務，其中博士學位授予點13個，碩士學位授予點21個，博士生導師30人，碩士生導師98人。幾十年來，為中國培養了5000多名醫學人才。
2001年，醫院在全市三級綜合醫院中率先實施並通過ISO9001質量管理認證體系，年年通過質量認證，使仁濟醫院質量管理上了壹個新臺階。醫院積極探索集團化管理，三個分院(嘉定中心醫院、崇明中心醫院、長寧同仁醫院)由仁濟醫院直接管理。與社會合作的仁濟醫療管理公司，通過市場化運作，以品牌效應為主導，以集團規模取勝，推廣和傳播優秀的醫院管理模式。目前，該公司已成功管理了12家醫院。涉外全康國際醫療中心為在滬外國人提供最優質誠信的醫療保障。
近三年來，該院在上海萬人問卷調查中患者滿意率處於全市前列。醫院連續九次獲得全國衛生系統先進集體稱號和上海市衛生文明單位稱號。