醫學院積極參與國家醫療衛生體制改革，各附屬醫院不斷提升診療水平和醫療衛生服務能力。我院現***有13所附屬醫院，其中8所綜合性醫院、5所專科性附屬醫院。擁有3個國家臨床醫學研究中心，1個國家兒童醫學中心（***建），74個國家臨床重點專科（不含中醫），數量占上海市國家級臨床重點專科總數的54%，擁有上海市臨床醫學中心12個，上海市“重中之重”臨床醫學中心16個。2018年各附屬醫院開放床位數19686張，門急診人次達3531.61萬，出院人次104.62萬，住院手術人次66.95萬。目前各附屬醫院手術人次占全市1/3，疑難雜癥占全市1/2，醫學院以雄厚的綜合實力，為上海乃至全國的醫療衛生事業做出了重要貢獻，贏得社會廣泛贊譽。
醫學院積極探索區域協同***建醫療衛生事業新戰略，與長寧區政府合作***建上海市同仁醫院，並於2014年成立虹橋國際醫學研究院，努力實現多維推進區域醫療發展與學科內涵建設。2011年成立上海交通大學中國醫院發展研究院，大力開展醫院管理政策性研究，在國內醫院管理領域產生了壹定的影響力。