[1]新制劑與新釋藥系統研究平臺，國家“重大新藥創制”科技重大專項，2009-2010年，主要成員
[2]新型抗血栓和腦缺血候選藥物ZJM-289，國家“重大新藥創制”國家重大專項，2009-2010年，主要成員
[3]黃酮類藥物樹狀聚合物納米口服釋藥系統的構建及其相關技術研究，國家中醫藥管理局中醫藥科學技術研究專項課題，2008.01-2009.12，主持人
[4]抗動脈粥樣硬化DNA疫苗/殼聚糖納米粒鼻腔給藥研究，2006.01-2008.01，國家自然科學基金項目，2006.01-2008.01，主要成員
[5]中藥復方有效成分的胃腸吸收機制及其劑型方案的設計，國家自然科學基金重點項目，2005-2008，主要成員 [1]靛玉紅磷脂復合物及其制備方法，吳正紅、周靜、平其能、徐蓓
[2]聯苯雙酯固體分散體緩釋片及制備方法，吳正紅、程娟、平其能等
[3]雷公藤紅素脂質體及其制備方法，吳正紅、王柏剛、黃煜倫、余斌
[4]壹種燈盞花素的可溶制劑.專利申請號，吳正紅、陸珺珺、王柏剛 [1]周建平主編，吳正紅、蔣曙光副主編，藥劑學實驗與指導(雙語)，中國醫藥科技出版社，2007.2
[2]周建平主編，蔣曙光、吳正紅副主編，藥劑學，東南大學出版社，2007.3
[3]周建平主編，吳正紅、蔣曙光副主編，藥劑學進展，江蘇科學技術出版社，2008.6
[4]龍曉英主編，吳正紅 參編，藥劑學圖表解，人民衛生出版社，2008.10 [1]聚酰胺-胺PAMAM樹狀聚合物對盞花素的溶解性及其藥代動力學的影響. 陸珺珺, 吳正紅*, 平其能.藥學學報.2009,44(2):197-202
[3]靛玉紅磷脂復合物的跨膜轉運及其犬體內藥代動力學. 吳正紅,周靜,平其能,張玉華,王字玲,周虹.中國藥科大學學報.2007,38(4):327-331
[5]靛玉紅腸吸收轉運機制的研究. 吳正紅,周靜,平其能,張玉華,王字玲,周虹.中國藥科大學學報.2006,37(6):494-498
[6]殼聚糖及其衍生物包覆的脂質體對胰島素細胞旁路轉運的促進作用. 吳正紅,平其能,雷曉敏,李建英,蔡鵬,李正榮,李朝軍.中國藥科大學學報. 2005,36(4):306-310
[7]殼聚糖及其衍生物包覆脂質體對胰島素腸道吸收的影響. 吳正紅,平其能,雷曉敏,李建英,蔡鵬. 藥學學報. 2005,40(7):618-622
[9]殼聚糖及其EDTA接合物雙層包覆口服納米胰島素脂質體的研究. 吳正紅,平其能,宋赟梅, 雷曉敏, 李建英, 蔡鵬.藥學學報.2004,39(11):933-938
[10]小鼠口服多糖包覆胰島素脂質體的降血糖作用. 吳正紅,平其能,賴家明,魏毅.藥學學報.2003,38(2):138-142 [1]2008.10， 藥物制劑專業，教育部國家特色專業，周建平、吳正紅、平其能、塗家生、蔣曙光等
[2]2008.05，工業藥劑學，江蘇省精品課程，周建平、平其能、吳正紅、塗家生、蔣曙光等
[3]2008.06，藥物制劑專業，江蘇省品牌專業，劉建平、周建平、平其能、吳正紅等
[4]2006.10，工業藥劑學，江蘇省二類精品課程，平其能、周建平、吳正紅、塗家生、蔣曙光等
[5]2005.11，殼聚糖和殼聚糖-EDTA軛合物雙層包覆胰島素口服納米脂質體的研究，南京市政府自然科學優秀學術論文三等獎，吳正紅、平其能等
[6]2005.11，殼聚糖-EDTA軛合物對胰島素口服納米脂質體的影響，南京市科協優秀論文獎，吳正紅、平其能等
[7]2007.05，藥劑學實驗教學課件，中國藥科大學，2006年度優秀多媒體教學課件二等獎，吳正紅、周建平、平其能
[8]2007，工業藥劑學，中國藥科大學，校級壹類精品課程，平其能、周建平、吳正紅、塗家生、蔣曙光等
[9]2005.10，the ISP Dr Helmut Award
[10]2002.12，小鼠口服胰島素聚維酮-脂質體的降血糖作用，“中新藥業杯”《中國藥科大學學報》優秀論文壹等獎，吳正紅、平其能等。