2011年9月14日， 財政部、科技部日前發出《關於調整國家科技計劃和公益性行業科研專項經費管理辦法若幹規定的通知》，就調整課題經費開支範圍，強化預算編制和評估評審要求，加強資金撥付和結存結余經費的管理等問題作出新的規定。
調整課題經費開支範圍方面，建立課題間接成本補償機制，將課題經費分為直接費用和間接費用。間接費用使用分段超額累退比例法計算並實行總額控制，按照不超過課題經費中直接費用扣除設備購置費後的壹定比例核定，具體比例如下：500萬元及以下部分不超過20%；超過500萬元至1000萬元的部分不超過13%；超過1000萬元的部分不超過10%。間接費用中績效支出不超過直接費用扣除設備購置費後的5%。
強化預算編制和評估評審要求方面，課題申請單位應科學、合理、真實地編制課題經費預算。課題直接費用各項支出不得簡單按比例編列。課題經費預算評估評審中，不得簡單化地按比例核減課題直接費用預算。建立健全課題經費預算評估評審的溝通反饋機制。
《通知》提出，財政部正式批復部門預算前可以從1月1日起按“二上”預算數的1/4支付課題預算經費。課題結余經費應當按原渠道收回科技部或相關主管部門，由科技部或相關主管部門按照財政部關於財政撥款結轉和結余資金管理的有關規定執行。同時，對非涉密課題預算安排情況進行公示，接受社會監督；逐步探索建立課題績效情況公示制度；積極推進對違規使用科研經費的行為進行公開。
2015年12月，國家統計局等部門發布《2014年全國科技經費投入統計公報》，我國已成為僅次於美國的第二大科技經費投入大國，但研發投入效益差距很大，主要體現在科研成果轉化率。《公報》數據顯示，2014年中國研發經費投入總量為13015.6億元。
國家發改委高技術司副巡視員孟憲棠：我們研發人員的全職當量全世界第壹，相當於美國的兩倍多、俄羅斯的四倍多，這些表明我們已經進入科技大國行列。
最多的人力，世界第二的財力，“科技大國”的評價算得上當之無愧。但與發達國家比較，中國研發投入的效益還有待進壹步提升。談到這壹點，不少人都會直接想到屢現報端的買假發票套取科研經費等現象。然而，相比於管理漏洞造成的經費“跑冒滴漏”，更加影響研發投入效益的，則是科研成果轉化率的不足。2013年，原發改委副主任張曉強表示，我國科技成果轉化率僅為10%，而發達國家的這壹比例在40%以上。對此，孟憲棠表示應促進更了解市場需求的企業的科研投入，而這已經體現在了國務院發布的《創新驅動發展若幹意見》當中。
孟憲棠：這兩年我們隨著科研投入的不斷增加，發明專利的申請量全世界第壹，科技論文的數量全世界第二。但這些只有通過企業才能真正對經濟發展產生貢獻，短板來看，恰恰在企業。