長期從事卵菌病害機理和植物病害防治應用的基礎研究，系統研究了檢疫性病原菌快速檢測和病害診斷技術、疫黴菌發育過程的分子調控機制和疫黴菌與植物互作的分子機制。主持國家公益性行業科研項目、國家863計劃項目、國家自然科學基金、國家973計劃子項目、948項目30余項。主要學術貢獻:(1)解釋了大豆疫黴的毒力變異機制，克隆了兩個新的無毒基因Avr1d和Avr3b；解釋了中國大豆疫黴種群中的主要無毒基因通過點突變、轉座子插入和差異轉錄發生了復雜的毒性變異。證明了疫黴的毒蛋白可以相互協同幹擾植物對病原的先天免疫。發現致病疫黴的效應分子Avr3b可以模擬植物防禦反應抑制劑的作用，幹擾植物抗病性。上述研究結果對提高植物抗病性具有重要的理論和實用價值。(2)闡明了大豆疫黴識別寄主的分子機制，發現大豆疫黴通過G蛋白偶聯受體和G蛋白信號系統調控識別大豆根系分泌的異黃酮，從而尋找寄主植物；g蛋白偶聯受體參與調節疫黴對交配性激素的接收，從而控制疫黴的有性生殖過程。該研究為篩選控制流行病的新藥提供了重要的理論依據。(3)解釋了植物非寄主抗疫黴的分子機制，鑒定了許多新的疫黴分泌的毒性蛋白，闡明了MPAK等細胞信號系統在非寄主植物抗疫黴中的作用。(4)發現了壹批可用於檢疫性有害植物病原菌分子監測的分子靶標，並在此基礎上開發了十余種病原菌快速檢測技術，形成了壹批國家和行業標準，得到了廣泛推廣應用。
先後獲得教育部自然科學獎、科技進步獎三項，在國內外期刊上發表研究論文120余篇。其中在Science、Nature genetics、Plant Cell(封面文章)、PLoS Pathogens、New Phytologist、Molecular Microbiology、MPMI等SCI期刊發表論文70余篇。，其中36篇為第壹作者或關聯作者，總影響因子超過120。4篇論文入選ESI高被引論文，被SCI刊物引用近700次。在重要國際學術會議上作特邀報告10余次，參與組織國際學術研討會6次。
獲得國家發明專利6項，出版教材或著作3部。先後入選教育部新世紀優秀人才、南京農業大學“133人才工程”學科帶頭人、南京農業大學優秀研究生導師、優秀教師、江蘇省“藍色工程”學術骨幹、江蘇省優秀科技工作者、江蘇省高校優秀科技創新團隊帶頭人。
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