縣市科技職能部門的管理職權是:
1，貫徹國家關於科技工作的方針、政策、法律法規；研究制定科學技術發展的政策措施，通過科學技術促進經濟和社會發展；會同有關部門制定科技體制改革和科技創新體系總體規劃，並組織實施。
2、研究制定科技發展戰略、中長期規劃和年度計劃；研究提出科學技術經費合理配置的意見和建議；負責科學事業歸口管理和“科技三項費用”等相關經費的預決算。
3、研究提出高新技術發展規劃和產業政策措施，並組織實施；負責高新技術企業、高新技術產品和高新技術成果轉化項目的申報和認定；指導高新技術產業開發區和科技示範園區的工作；參與高科技風險投資管理。
4.研究制定加強技術創新和科技成果產業化的政策措施；組織實施科學技術研究計劃、火炬計劃、星火計劃、科技成果推廣計劃、農業種子產業化項目、國家技術創新試點城市工作和可持續發展示範項目；組織協調產學研結合，加強企業、高校和科研單位的科技合作。
5、歸口管理科技成果、科技獎勵、科技保密、技術市場和科技信息市場；協調和組織科技知識產權保護工作；負責《中華人民共和國合同法》中有關技術合同條款的實施、監督和檢查。
6、參與編制重點科研項目和其他科技基地建設規劃；編制並實施重點實驗室、中試基地、工程技術研究中心等科技基地規劃；負責新增和調整科研機構的審核和申報；負責民營科技企業的認定、審批和管理；負責科技型中小企業的認定和創新資金的歸口管理。
7、歸口管理科技外事工作，組織對外科技合作與交流，配合有關部門組織技術出口和技術引進、消化和創新。
8、負責管理軟科學研究、科技信息、科技宣傳工作；協調科普工作；指導科技咨詢、招標、評估等科技中介服務機構的工作；負責科技統計工作。
9.配合有關部門研究科技人才政策，參與當地科技管理人員的教育培訓。
10，承辦黨委、政府交辦的其他工作。