期貨交易所的結算實行保證金制度、日免債制度和風險準備金制度。與期貨市場的層級結構相適應，期貨交易的結算也是分層級、分層次的。交易所只為會員結算，非會員單位和個人通過期貨經紀公司會員結算。
1.交易所對會員的結算
(1)每個交易日結束後，交易所對各會員的盈虧、交易費用、交易保證金等資金進行結算。核算結果是會員核對當日相關交易和與客戶結算的依據。會員可以通過會員服務系統在每個交易日的規定時間內獲取會員當日平倉的損益表、會員當日的合約表、會員當日的持倉表和會員的資金結算對賬單。
(二)會員應當每天及時獲取交易所提供的結算結果，做好核對工作，並妥善保管。
(三)會員對結算結果有異議的，應當在次日開市前30分鐘書面通知交易所。如果會員在規定時間內未對結算數據提出異議，則視為會員已認可結算數據的準確性。
(4)交易結算完成後，交易所將會員資金數據傳輸至相關結算銀行。
2.期貨經紀公司結算客戶
(1)期貨經紀公司與交易所結算客戶的方式相同，即每個交易日結束後，結算每個客戶的盈虧、交易費用、交易保證金等資金。交易手續費壹般不低於期貨合約規定的交易手續費標準的3倍，交易保證金壹般高於交易所收取的交易保證金比例至少3個百分點。
(二)期貨經紀公司在收市後向客戶出具交易對賬單。
(3)當客戶每日結算後的保證金低於期貨交易所規定的交易保證金水平時，期貨經紀公司將通知客戶按照期貨經紀合同約定的方式追加保證金。客戶未按時追加保證金的，期貨經紀公司應當對客戶的部分或者全部頭寸進行強行平倉，直至保證金余額能夠維持其剩余頭寸。
期貨交易結算的組織形式
期貨結算有兩種組織形式。壹種是獨立於期貨交易所的結算公司，比如LondonClcaringHouse，它也為倫敦的三家期貨交易所進行期貨結算。另壹個是交易所內設立的結算部門。比如日本、美國等國家的期貨交易所都有自己的結算部門(以下簡稱“結算機構”)。目前我國采取在交易所設立結算機構的形式。獨立清算所與交易所內結算機構的區別主要體現在以下幾個方面:清算所在履約擔保、控制和結算風險方面獨立於交易所，而交易所內的內部結算機構全部集中在交易所內。獨立清算所壹般由銀行、交易所等金融機構共同承擔，風險相對於交易所單獨承擔相對分散。